胃癌细胞中转录因子激活增强子结合蛋白4调控LINC01235的表达

摘要

目的探讨转录因子激活增强子结合蛋白4（TFAP4）在胃癌中对LINC01235表达的调控作用。方法通过生物信息学分析,获取TFAP4可在胃癌中调控的LINC01235。采用实时荧光定量聚合酶链反应（Real-time PCR）检测在胃癌细胞中敲低TFAP4后LINC01235的表达变化。应用染色质免疫共沉淀（ChIP）法验证TFAP4可以结合LINC01235的启动子区域调控其转录。采取双荧光素酶报告实验计算相对荧光活性验证启动子区域的单核苷酸多态性（SNP） rs34667091可以促进转录。对独立样本采用t检验。结果肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库中胃癌RNA-seq数据进行分析,可见LINC01235的高表达与不良预后明显相关（P＆0.01）。JASPAR网站预测TFAP4可以调控LINC01235的表达。在胃癌细胞系中敲低TFAP4的表达后,LINC01235的表达水平随之降低。ChIP实验结果显示,与阴性对照组IgG比较,TFAP4与LINC01235的启动子区域结合富集百分比较高（0.000 299±2.129e-005比0.001 249±1.985e-005,t=32.640,P＆0.01）,差异有统计学意义。双荧光素酶报告实验结果显示,与正常对照组比较,LINC01235启动子区域的SNPs缺失后,TFAP4与启动子区域结合的相对荧光活性降低（1.000±0.207比0.341±0.031,t=3.151,P＆0.05;1.000±0.156比0.157±0.042,t=5.221,P＆0.05）,差异均有统计学意义。结论 LINC01235的表达水平在胃癌中和不良预后呈正相关,TFAP4可以调控LINC01235的转录,LINC01235的启动子区域的SNP rs34667091可作为增强子。