阿瓦朗病毒和休斯病毒实时荧光RT-PCR检测方法研究

摘要

目的 建立可以检测阿瓦朗病毒(Avalon virus,AVAV)和休斯病毒(Hughes virus,HUGV)两种内罗病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并进行初步的评价.方法 收集、整理、比对、分析在公共数据库发布的两种病毒基因组核苷酸序列,确定检测靶标,设计特异性引物、探针,优化检测程序,建立实时荧光定量RT-PCR检测方法.利用体外转录技术制备的模拟样本、其他病毒感染标本、病毒株和正常人血标本比较评价所建方法的检测限、特异性、重复性特征.结果 所建实时荧光定量RT-PCR检测方法可有效扩增检测AVAV和HUGA靶标RNA,检测限分别约为20拷贝/μl和70拷贝/μl,检测科萨努尔森林病毒、乙型流感病毒BV和BY型、甲型流感病毒H3N2、黄热病毒、乙型脑炎病毒、克里米亚-冈刚果出血热病毒、发热伴血小板减少综合征、内罗毕羊病毒和塔西那病毒样本无非特异性扩增,两种内罗病毒相互间无交叉反应,重复性比较分析显示变异系数小于2％.结论 本研究建立的检测AVAV和HUGV的实时荧光定量RT-PCR方法,可用于临床样本检测和媒介生物、宿主动物标本筛查,便于病原的快速识别和疾病诊断.