上海市环境污水监测埃可病毒11型基因特征和循环动态

摘要

目的 探讨基于上海市环境污水监测中埃可病毒11型(echovirus 11,Echo11)的基因特征和循环动态变化.方法 本研究对上海市2012-2019年环境污水监测获得的Echo11分离株进行了VP1区核酸扩增和序列测定,结合上海市急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)监测系统和健康儿童肠道病毒监测中Echo11分离株以及Echo11参考株进行序列同源性分析和系统发生学分析.结果 上海市3个监测系统来源Echo11分离株共有156株,其中2012-2019年环境污水共分离到136株,其流行高峰主要集中在夏秋季.上海市不同来源Echo11分离株进化速度较快,有40.3％存在第54位氨基酸位点突变.上海市不同来源Echo11共有5个基因亚型传播链,即A1、A2、C1、C3和D5基因亚型.2012年,环境污水、AFP病例和健康儿童之间存在A1基因亚型Echo11共循环现象.2012-2015年的优势传播链为A1基因亚型,从2016年开始,优势传播链逐渐变为D5基因亚型.结论 环境污水监测真实反映人类肠道病毒(human enterovirus,HEV)的循环状况,对于HEV相关疾病预测预警具有实际意义.