HCV在中国流行多样性和独特生长史的分析

摘要

目的探讨中国丙型肝炎患者中HCV的基因型分布类型,并进行HCV在中国流行病学历史分析,进而研究HCV在中国的分子流行病学和进化动力学特征。方法从423例丙型肝炎患者的血清中提取HCV RNA并进行cDNA反转录,扩增E1和NS5B两个基因区的核苷酸序列,排除不合格及不适合分析的病毒株序列,再对合格序列进行系统发育分析（phylogenetic analysis）。运用BEAST软件中的Bayesian MCMC（Markov Chain Monte Carlo）算法来进行Coalescence分析,通过重构BSPs（Bayesian skyline plots）图回溯HCV的流行病学历史。结果 HCV分离株的基因分型如下:共包括6个基因型,12个基因亚型（1b:65.9%,6a:17.1%,2a:7.4%,3a:3.6%,3b:3.3%,6e:0.76%,1a,1c,2b,2f,4d以及5a共占0.25%）,以及2个新基因型6变异体。所产生的5个BSP曲线图均凸显1993年至2000年这一时间段,中国的HCV感染数量呈现指数增长,随后则陡然下降。结论证实了HCV在中国多样性的流行现状,反映了HCV不断变化的基因型流行模式;1993年至2000年期间由于"单采血浆"事件的影响,HCV在中国的感染数量经历了一段"指数"增长期。