手足口病相关柯萨奇病毒A组8型全基因组序列特征分析

摘要

目的 研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型(CV-A8)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析.方法 对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列,采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析.结果 序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7393～7400 bp之间,与原型株比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失.11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3％～98.6％和92.6％～99.7％;与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3％～98.2％和92.6％～99.7％.对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析,可将CV-A8分为5个基因型:A、B、C、D和E,本研究11株CV-A8分属于C(1株)、D(2株)、E(8株)3个基因型.11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3％％～98.8％和95.9％～99.5％,P2区进化树图显示,本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近,P3区进化树图显示,本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近.结论 本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性,非衣壳区呈现重组多样性,提示CV-A8正在经历变异动态变化;CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体,因此需要进一步加强监测CV-A8.