扩增片段长度多态性分析用于霍乱弧菌分子分型的方法建立和应用评价

摘要

目的建立霍乱弧菌的基于红外荧光标记引物的扩增片段长度多态性（AFLP）分型方法,评价脉冲场凝胶电泳（PFGE）和AFLP对霍乱弧菌的分型能力。方法选择PFGE带型均不相同的47株霍乱弧菌作为评价菌株,建立AFLP对于霍乱弧菌的分型方法;确定操作程序后选择83株分离自1962-2005年11个省的霍乱弧菌,进行AFLP和PFGE对于霍乱弧菌分型能力的比较。AFLP分型方法采用了红外荧光标记PCR引物,利用LI-COR4300自动测序仪完成电泳、SagaMX软件对电泳图谱进行编辑。PFGE采用PulseNet提供的标准化程序。结果AFLP用于霍乱弧菌分型时选择性引物携带碱基数为1,最优引物组合为EcoRⅠ-G/MseⅠ-T,AFLP分型实验的重复性达到99.2%。AFLP将83株霍乱弧菌分为52个型别,D值为0.9545;PFGE将此83株菌分为44种带型,D值为0.9251。结论优化固定了AFLP对于霍乱弧菌的分型程序,重复性好;AFLP比PFGE具有更好的分型能力,能够用于分离菌株的分子分型。结合已成为实验室网络监测标准分析方法的PFGE,可对分离株做更细致的分型比较。