中国北方部分地区北京谱系结核分枝杆菌群体遗传关系的分析

摘要

目的应用分子遗传学方法探讨234株北京谱系结核分枝杆菌的起源进化及群体间基因流动特征。方法对来源于中国北方五省区（黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古和宁夏）234株北京谱系结核分枝杆菌进行24位点可变数目串联重复序列（VNTR）基因分型,计算各VNTR位点的等位基因多态性（h）;从个体水平分析其系统发育,即构建NJ树和最小生成树;构建群体水平系统发育树,并在此基础上通过贝叶斯模型计算最近共祖年代;通过分子方差分析了解五省区菌株间的基因流动情况。结果 24个VNTR位点的等位基因多态性较低（h值:0.000～0.744）。234株北京谱系结核分枝杆菌分散存在NJ树各个进化分支,最小生成树中约62.0%（145/234）的菌株被划分到同一"克隆复合群"。群体水平系统发育树显示234株菌与MIRU-VNTRplus数据库（http://www.miru-vntrplus.org）中的北京谱系结核分枝杆菌的遗传关系最近（Bootstrap值为100）;最近共祖年代为5308年（95%CI:4263～6470年）。通过分子方差分析发现吉林与黑龙江、辽宁菌株之间,内蒙古与宁夏菌株之间遗传分化系数的差异无统计学意义（P＞0.05）。结论中国北方五省区北京谱系结核分枝杆菌的遗传相似性较高,菌株间种系发生关系不明显。推测这些菌株由近期（约5000年前）结核分枝杆菌北京谱系的某一"克隆"进化而来。地理位置接近的区域,菌株间存在基因流动现象。