布鲁杆菌XbαI酶切脉冲场凝胶电泳基因分型方法的条件优化

摘要

目的优化布鲁杆菌XbαI酶切脉冲场凝胶电泳基因分型方法。方法通过测试不同厂家生产的XbaI限制性内切酶。优化脉冲场凝胶电泳条件和脉冲时间，所得凝胶电泳图谱用BioNumericsV4．0软件和UPGMA方法进行聚类分析，获得脉冲场凝胶电泳分型结果。结果优化后的条件为：XbaI限制性内切酶为美国Promega公司产品；脉冲时间为21h，包括第一脉冲时间0．5—8．0s，16h，第二脉冲时间10．0—56．0s，5h；电压为6．0V／cm；电场夹角120。；电泳温度为14℃。利用优化后的脉冲场凝胶电泳条件对布鲁杆菌6个菌种19个生物型菌株进行试验，经聚类分析能够将牛种、羊种、猪种和绵羊附睾种菌株归为不同的4大群，但是犬种菌株归在猪种群内，沙林鼠种菌株归在牛种群中。聚类分析结果与生物学分型方法具有一致性。结论布鲁杆菌XbaI酶切脉冲场凝胶电泳基因分型方法得到优化，并能够反映布鲁杆菌种群间的亲缘关系，建议应用到监测网络系统。