基于TCGA数据初步筛选胃癌预后相关基因

摘要

目的 通过对TCGA数据库中胃癌高通量测序数据进行分析,寻找新的胃癌预后相关的基因,为后续研究提供数据支持.方法 下载TCGA数据库中375例胃癌组织和45例癌旁组织中的RNA-seq表达矩阵数据及患者相关临床资料信息,基于R语言进行数据整理与合并后统一标准化分析.利用edgeR和DEseq软件包进行基因表达差异分析;结合患者临床资料,利用单因素和多因素COX回归函数对筛选得到的差异基因进行生存分析并筛选出具有临床意义的基因.结果 通过edgeR和DEseq分析后交集得到364个基因.随后对其功能富集发现这些基因主要集中在蛋白质消化吸收,药物及外源性物质代谢P450系统以及化学致癌,胃酸分泌等通路上.单因素COX回归分析显示,FAP、FAT3、PDK4、ZNF365等4个基因对胃癌患者预后存在显著影响.多因素逐步COX回归显示,FAP和PDK4构建的风险模型对胃癌患者预后具有判断作用.结论 FAP、FAT3、PDK4、ZNF3654个基因可能成为胃癌预后判断的指标,为后续的临床和基础实验提供数据支持.