基于Cytoscape下斑马鱼衰老基因-蛋白质的模块化分析

摘要

近20年来,斑马鱼逐渐成为研究人类基因功能的重要模型动物.同时,通过对斑马鱼参考基因组序列和10000多个蛋白编码基因的鉴定,表明斑马鱼至少与人类基因有75％的同源性,进一步验证了斑马鱼基因组序列可以作为衰老的研究模型.此外,其良好保守的分子和细胞生理学的广泛特征使斑马鱼成为揭示衰老、疾病和修复的潜在机制的极好模型.但是斑马鱼衰老的分子机制很少发生分子间的相互作用,因此蛋白质-蛋白相互作用(PPI)网络是非常可取的.本实验描述了斑马鱼这种生物衰老机制的模型,其涵盖了与衰老相关的87种蛋白质之间的767种相互作用.这不仅包含准确预测的PPI,还包含从文献收集以及实验所得的那些分子相互作用.同时,将这些分子相互作用模块化,形成模块化,找到11个中心基因,分析预测其衰老过程.希望能帮助研究斑马鱼的学者研究其衰老过程,提供一些假说和帮助.