改进的系统发育谱算法在蛋白质功能注释中的应用

摘要

系统发育谱方法是目前研究较多的一种基于非同源性的生物大分子功能注释方法.针对现有算法存在的一些缺陷,从两个方面对该方法做了改进:一是构造基于权重的系统发育谱;二是采用改进的聚类算法对发育谱的相似性进行分析.从NCBI上下载100条Escherichia coli K12蛋白质作为实验数据,分别使用改进的算法和经典的层次聚类算法、K均值聚类算法对相似谱进行分析.结果显示,提出的改进算法在对相似谱聚类的精确度上明显优于后两种聚类算法.