西藏高原藏猪盲肠微生物群落结构与多样性的研究

摘要

本研究旨在探讨西藏高原放牧藏猪、舍饲藏猪与瘦肉型猪(杜×长×大,DLY猪)盲肠微生物的群落组成及多样性,从而部分揭示西藏高原藏猪肠道微生物的特异性.选用日龄相近的放牧藏猪、舍饲藏猪及DLY猪各5头,放牧藏猪由林芝本地农牧民采用传统方式放牧养殖,舍饲藏猪及DLY猪圈养并饲喂相同饲粮,160日龄时前腔静脉放血屠宰,采集盲肠食糜于液氮速冻待测.采用高通量测序技术测定样品16S rRNA V3-V4区域的基因序列.结果 表明,在15个样本的16S rRNA基因V3-V4区测序共获得了659 904条有效序列,其中放牧藏猪213 031条、舍饲藏猪219 417条、DLY猪227 456条.放牧藏猪盲肠微生物OTU总数、Chao1指数、ACE指数及香农(Shannon)指数均显著高于舍饲藏猪与DLY猪(P＜0.05),而舍饲藏猪与DLY猪无显著差异(P＞0.05).3个类型猪盲肠微生物共划分为13个门,56个属.厚壁菌门(Firmicutes)是3个类型猪相对丰度共同最高的门.放线菌门(Actinobacteria)与疣微菌门(Verrucomicrobia)在放牧藏猪中相对丰度显著高于其他2个类型猪(P＜0.05),舍饲藏猪拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度显著高于放牧藏猪与DLY猪(P＜0.05);放牧藏猪共有11个属相对丰度显著高于舍饲藏猪与DLY猪(P＜0.05).结果 提示,放牧藏猪盲肠微生物群落结构与多样性具备自身独特性,为进一步开发藏猪资源提供参考.