北京地区猪圆环病毒3型感染的检测及基因组遗传变异分析

摘要

旨在了解北京地区猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的流行现状、分子生物学特征和遗传变异规律,为PCV3的防控提供参考依据.采集北京地区规模化养殖场73份临床表现为繁殖障碍和呼吸系统疾病的组织样品,对其中的PCV3进行检测和测序.根据PCV3全基因组序列设计3对特异性引物,从患PDNS的断奶仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列片段,克隆到pMD19-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长cDNA序列,利用DNAStar和DNAMAN生物软件对全基因组进行遗传变异分析.结果:北京地区PCV3感染率为30.1％(22/73),PCV3全基因组长2 000 bp,GenBank序列登录号为MG546667,将该病毒命名为PCV3/CN/BJ-YH2016.其基因组有3个开放阅读框(ORF),其中两个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(replication-associated protein,Rep)和衣壳蛋白(capsid protein,Cap)同源.PCV3/CN/BJ-YH2016与NCBI上30株PCV3基因组序列相似性为98.6％～99.3％,Rep蛋白氨基酸序列与美国毒株PCV3-US/MO2015 (KX778720)的相似性最高(为100％),与中国毒株PCV3/CN/Guangdong-SG1/2016 (MF589105)相似性最低(为95％),有16个氨基酸变异,全部集中在5-23位氨基酸.Cap蛋白氨基酸序列与美国毒株2164(KX458235)的相似性为100％,与其他毒株均有1～4个氨基酸发生变异,其中与PCV3-US/MO2015毒株相比变异位点分别位于24、26、56、100 aa.以上试验结果表明,成功从患断奶仔猪多系统衰竭综合征仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析,这些数据将为研究这种新型病毒——PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据.