务川黑牛STAT3基因启动子区SNPs与生长相关性状的关联分析

摘要

为筛选STAT3基因启动子区SNPs及研究其对启动子功能元件和体尺性状的影响.选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点,PCR-RFLP进行验证和基因分型,并利用114头务川黑牛个体分析SNPs位点与8个体尺性状的相关性.结果表明:STAT3基因5 '调控区存在7个新SNPs位点,分别为:G-449A、C-341A、A-322G、C-246A、G-240A、C-225T、A-103T,提交SNP数据库得到登录号.生物信息学软件预测得到STAT3基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近大量转录因子结合位点消失和新位点产生.多态性位点对转录因子结合位点有显著影响,但并不改变CpG岛大小.关联性分析结果表明,A-322G对务川黑牛体重有极显著影响(P＜0.01),A等位基因为有利等位基因.与AA或GG纯合基因型相比,AG基因型个体有更出色的体重性状.A-322G可能作为影响肉牛生长性状的重要功能性SNP,STAT3基因可能作为肉牛选种选育的候选基因,研究结果为进一步确定STAT3基因功能奠定试验基础.