巴马香猪不同生长阶段的肠道菌群特征分析

摘要

在猪的生长发育过程中,肠道菌群的建立及其均衡结构的维持对猪的健康生长具有重要作用,了解仔猪不同生长阶段肠道菌群的结构和功能可为指导其不同阶段的营养调控和饲养管理提供理论基础。本实验采集巴马香猪0 d(初生)、16 d(哺乳期)和40 d(保育期)3个生长阶段的粪便样品,采用16S rRNA基因高通量测序方法,分析巴马香猪不同生长阶段肠道菌群的纵向变化。Alpha多样性指数表明,随着仔猪的生长发育,肠道菌群多样性显著增加,并在保育期多样性达到最高水平;在门水平,作为优势门的厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)在不同生长阶段呈逐渐升高的趋势,而变形菌门(Proteobacteria)呈下降趋势;在属水平,不同生长阶段的优势菌属不同,LEfSe分析发现克雷伯菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)和球链菌属(Globicatella)等好氧菌和兼性厌氧菌为出生0 d(初生)的特异性菌属,随着肠道中氧气的消耗,消化链球菌属(Peptostreptococcus)和消化球菌属(Peptococcus)等专性厌氧菌为16 d(哺乳期)的特征性菌属,饮食的改变使得与消化纤维密切相关的瘤胃球菌属(Ruminococcus)和普氏菌属(Prevotella)成为出生40 d(保育期)时的特异菌属;KEGG功能预测分析发现,随着仔猪的生长发育巴马香猪肠道菌群功能呈动态变化。