鸭源新城疫病毒P基因遗传变异分析

摘要

为分析2002～2007年分离的鸭源弱毒新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)磷蛋白(P)基因的分子特征,以及在新城疫病毒演化过程中所起的作用,采用RT-PCR方法扩增NDV弱毒分离株的P基因,进行测序,并应用生物信息学软件(SNAP和CODEML)研究了作用于NDV P基因的选择压力.根据P基因序列的遗传发生分析表明,NDV Ⅰ类(Class Ⅰ)2型毒株与德国鸭源毒株DE/R49-99和美国株亲缘关系较近,而3 b型毒株与其他Ⅰ类病毒遗传关系较远,具有地区特色,形成一个独特的分支;NDV Ⅱ类(Class Ⅱ)中基因Ⅰb型与中国广泛使用的基因Ⅰ型疫苗毒Qeensland V4(QV4)以及Ⅰ型代表株亲缘关系较远.生物信息学软件分析表明,P基因不同片段受到正选择压力的作用不一样,P基因的两端受到负选择压力的作用不易发生变异,而中间(aa 62～113和137198)片段多个位点受到正选择压力的作用.可见,Ⅰ类病毒中3 b具有地域特色,不同基因型P蛋白之间变异较大,而且P蛋白不同位置变异不均匀.