我国部分地区1996～2008年传染性支气管炎病毒分离株膜蛋白基因的遗传变异与系统进化分析

摘要

1996～2008年从我国不同地区分离30株传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Viruses,IBV)野毒株的M基因,采用RT-PCR方法克隆测定所分离的野毒株和澳大利亚T株的M基因序列,利用生物信息学软件与GenBank中公布的部分国内外IBV毒株的M基因序列进行比较分析,研究我国IBV的分子流行学特点和分子遗传变异规律.结果发现所测毒株M基因具有4种不同长度的开放阅读框:669 bp、672 bp、678 bp和681 bp,分别编码222、223、225和226个氨基酸的多肽,这些长度的差异是由5′端的核苷酸插入或缺失造成的.30个IBV分离株间的同源性在89.5%～100%之间.以疫苗株H120氨基酸位置为参照,在被比较的73株IBV M蛋白中发现62个位点存在变异,其中以2～5、10～16、44～46、217～222等4个区域氨基酸取代率较高.系统进化分析显示,被比较的73个IBV毒株分为5个进化群,我国的IBV分属于其中的4个群,其中第一群和第四群与我国所使用的疫苗病毒株相距较远.同时发现部分近年的分离株与10多年前分离株具有很近遗传进化关系.从M基因看,在我国出现了多种基因型IBV共存的现象,分离株与疫苗株的遗传差异提示我们需要对疫苗的选用做出重新评估.