小叶杨DREB同源基因内SSR的发现及群体结构分析

摘要

利用基因特异的PCR引物从小叶杨(Populus simonii)经干旱胁迫后构建的cDNA文库中扩增得到长度为671 bp的PsDREBcDNA克隆.该基因内部含有完整的且大小为543 bp的开放阅读框,可编码181个氨基酸残基.在此基础上,对36株小叶杨基因型个体的DREB基因进行了克隆和序列分析,发现其内部存在以CAC为基本单位的4次(A)、5次(B)、7次(C)、8次(D)、9次(E)、10次(F)和11次(G)7种类型的简单重复序列(SSR).以该重复序列为扩增对象设计引物,对我国11个省16个群体528株小叶杨进行了群体遗传结构分析.结果表明,在检测群体中各位点等位基因频率大小顺序依次为:D>C>F>E>A>G>B:平均有效等位基因数为3.167 0,平均观察和期望杂合度分别为0.468 5和0.531 5,且在多数群体中存在一定程度的近交效应和显著偏离Hardy-Weinberg平衡:而Ewens-Watterson中立性检验表明,除山西宁武、辽宁朝阳和河南伊川外,其它多数群体均属于中立性选择.研究结果将为利用候选基因内SSR标记来评价林木育种资源的遗传多样性以及保护和利用这些资源提供科学的理论依据.