可变剪接对肾透明细胞癌患者预后的预测价值

摘要

目的 利用生物信息学方法研究可变剪接对肾透明细胞癌(RCCC)患者预后的预测价值.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载RCCC患者可变剪接事件相关RNA-seq数据及其临床信息,通过单因素Cox回归分析筛选与生存显著相关的可变剪接事件.将选择的可变剪接事件进行LASSO回归分析,并构建Cox预测模型.结果 497例RCCC患者癌组织的21615个基因中共有46415个可变剪接事件发生,单因素Cox回归分析结果显示,在5483个基因中发现12156个与RCCC患者生存显著相关的可变剪接事件(均P＜0.05).LASSO回归分析结果显示,可变受体位点(AA)事件中与RCCC患者生存预后相关性最高的基因为6个,可变供体位点(AD)、可变启动子(AP)、可变终止子(AT)、外显子跳跃(ES)事件中均为5个,外显子互斥(ME)事件中为10个,内含子保留(RI)事件中为4个,整体可变剪接事件中为6个.将7种可变剪接事件及整体可变剪接事件分别构建Cox预测模型,Kaplan-Meier生存曲线分析显示各预测模型中高风险组生存率均低于低风险组(均P ＜0.001).受试者工作特征曲线结果显示,AA、AD、AP、AT、ES、ME、RI和整体可变剪接预测模型的曲线下面积分别为0.759、0.753、0.743、0.763、0.789、0.762、0.674和0.796.结论 可变剪接事件构建的预测模型能有效地预测RCCC患者的生存情况,为临床治疗决策提供帮助.