类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞lncRNA-miRNA-mRNA网络构建及关键基因预测

摘要

目的 探索类风湿关节炎(RA)成纤维样滑膜细胞(FLS)中长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-mRNA网络及关键lncRNA,揭示lncRNA在RA中的作用.方法 在美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库(GEO)中获取相关的数据集GSE103578、GSE83147、GSE128813,每个数据集中对照组含有3个健康人滑膜分离的FLS,RA组含有3个RA患者的FLS.使用R语言程序,idmap3包进行探针注释,limma包对数据进行标准化、去除批次效应及基因差异表达分析,以logFC>1.0且P0.85且P<0.05作为lncRNA-mRNA共表达基因的标准,得到共表达lncRNA有18条,mRNA有51条.与共表达的lncRNA、mRNA有结合位点的miRNA有26条.构建的lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络中lncRNA有13条,包括lncRNA XIST、NR2F2-AS1、LINC01018等,miRNA有26条,mRNA有46条.结论 lncRNA XIST、NR2F2-AS1、LINC01018等13条lncRNA在RA-FLS中差异表达,并通过竞争内源性RNA机制调节miRNA及mRNA的表达,形成lncRNA-miRNA-mRNA调节网络,可作为进一步验证的目标lncRNA.