通过四引物PCR与固相DNA生物传感器对抗病毒药物代谢酶的核苷酸多态性进行基因分型

摘要

背景:SNPs的分型步骤包括指数扩增、等位基因辨别反应及产物检测。通常来说,等位基因辨别是在扩增之后进行。四引物PCR可以在扩增的同时进行等位基因的辨别,因此可以避免额外的基因分型反应。然而,迄今为止,电泳是唯一用于检测四引物PCR产物的方法。作者建立了一种不需要仪器在几分钟内就可以进行可视化检测四引物PCR产物的方法,该方法运被用于CYP2C19*2(c.681G>A)及CYP2D6*4(g.3465G>A)的基因分型。材料及方法:设计一对外引物扩增包括SNPs的片段。生物素化的内引物有3个错配的碱基以及一个缺失的碱基对,其与外引物一起指导双向扩增产生等位基因特异性的片段。扩增得到的产物主要同有poly(dA)尾的探针杂交并与DNA生物传感器结合,然后浸于适当的缓冲液中。当缓冲液沿着生物传感器移行的时候,杂交子在测试区被抗生素蛋白链菌素捕获,并且与oligo(dT)功能化的纳米金粒子相互作用导致红色线的出现。另外一条红色线在对照区出现用于指示传感器的本身作用。结果:基因分型结果表明,55份样品为CYP2C19*2,49份样品为CYP2D6*4。使用测序和电泳的方法对该方法的准确性进行证实。结论:该方法的独特优点是简单并且成本低。与电泳相比,杂交可以提供所扩增的片段的确切序列。固体试剂浸渍法对操作人员的专业素质要求低。