羊口疮病毒贵州株F1L基因克隆及生物信息学分析

摘要

为分析羊口疮病毒贵州株(ORFV-GZ株)F1L基因的分子特点,预测编码蛋白的生物学功能,本试验对ORFV-GZ株F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定.应用生物信息学相关软件及方法,对ORFV-GZ株F1L基因进行列分析并对其编码蛋白进行了二级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测.结果显示,F1L基因PCR扩增产物大小为1 029 bp,编码342个氨基酸;与OV-SA00株、NZ2株、OV-IA82株和D1701株相应序列核苷酸同源性分别为98.4％、97.9％、97.8％和96.8％,氨基酸的同源性分别为98.3％、97.6％、97.3％和95.3％;系统进化树显示,ORFV-GZ株F1L基因与FJ-GT株亲缘关系最近;二级结构以α-螺旋和无规则卷曲所占比例较大,预测此蛋白可能存在7个B细胞优势抗原表位,两个跨膜区域,无信号肽区域.本试验结果将为贵州省ORFV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据.