用于转录作图的基因识别标签（GIS）分析方法

摘要

描述了依据本发明一实施例的转录作图方法，该方法综合了基于短标签测序方法（SAGE和MPSS）的效率和全长eDNA（ficDNA）方法的精确性来全面描述转录组。这个方法也称为基因识别标签分析（GIS）方法。在该方法中，截取全长cDNA克隆的5’和3’末端来连接形成一个双标签结构，随后以一种高效方式对该双标签的双标签串联体进行测序，最后定位到基因组中来确认该基因的结构。由于一个GIS双标签代表一个转录本的5’和3’末端，所以它提供的信息量比SAGE和MPSS标签的更多。为了能够有效的进行转录作图和基因定位识别，该方法能得到5’和3’标签对之间的片断长度，包括方向，分类和染色体家族的信息。此外，采用压缩后缀矩阵（CSA）来索引基因组序列不仅提高了作图的速度而且减少对计算存储量的需要。