三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231与其脑转移细胞系中microRNA差异表达分析

摘要

目的:分析三阴性乳腺癌(TNBC)细胞系MDA-MB-231(MB-231)与其脑转移细胞系MDA-MB-231Brm(MB-231Brm)中microRNA(miRNA)的表达差异,寻找有价值的三阴性乳腺癌脑转移相关的miRNA.方法:Trizol法提取MB-231和MB-231Brm细胞总RNA,用Illumina高通量测序技术分离并检测miRNA表达情况,将其与已知的miRNA数据库比对,采用miRDeep2软件进行新的miRNA预测;使用差异基因检测法筛选差异表达的miRNA,构建差异表达谱.应用生物信息学分析进行miRNA靶基因的功能分析,并用实时荧光定量PCR(qPCR)进行验证.结果:MB-231和MB-231Brm细胞中miRNA的种类和表达存在差异,两者共有的miRNA为961种,前者自有164种,后者自有196种;与MB-231相比,MB-231Brm细胞的miRNA中,有145个表达显著上调,54个表达显著下调,1122个表达未见明显差异;差异表达分析显示,与MB-231相比,MB-231Brm中的miR-199a-3p和miR-103a-3p等表达显著增加,而miR-1246和miR-4787-5p等表达显著下降;基因本体分析(GO)发现差异表达的miRNA所调控的靶基因与细胞组分、分子功能及生物过程均相关;qPCR验证发现,与MB-231相比,miR-1246在MB-231Brm中表达显著降低且差异有统计学意义(P<0.05).结论:MB-231和MB-231Brm中存在差异表达的miRNA,且在TNBC脑转移过程中其调控的靶基因通过参与细胞组分形成、调节分子功能及调控生物过程等发挥作用;并发现miR-1246在脑转移细胞系中的表达下降,其可能通过某种途径参与TNBC脑转移的发生、发展过程.