淅川乌骨鸡出壳前后胸肌的全转录组表达谱分析

摘要

[目的]分析淅川乌骨鸡出壳前后胸肌生长过程中全转录组表达谱的变化。[方法]采集入孵14 d的淅川乌骨鸡鸡胚胸肌样本(记为X-14 d)和刚出壳1 d的雏鸡胸肌样本(记为X-1 d),围绕编码RNA(messenger RNA,mRNA)、非编码RNA(lncRNA、circRNA和miRNA)进行真核生物全转录组测序分析。[结果]淅川乌骨鸡胸肌生长过程中大量基因转录组水平发生显著变化,出孵1 d的雏鸡与入孵14 d的鸡胚相比(X-14 d vs X-1 d),共发现3858个差异表达mRNA,包括1054个上调基因和2804个下调基因;371个差异表达lncRNA,包括222个上调基因和149个下调基因;316个差异表达circRNA,包括148个上调基因和168个下调基因;377个差异表达miRNA,包括159个上调基因和218个下调基因;GO富集分析表明,差异表达mRNA参与多个生物学过程,如生物过程调控、刺激反应、定位、正负调节生物过程、生长过程、免疫系统过程等。对差异表达mRNA进行的KEGG通路富集分析表明,黏附连接、肌动蛋白细胞骨架的调节、氨基酸的生物合成、氧化磷酸化、碳代谢、柠檬酸循环(TCA循环)、紧密连接、间隙连接、代谢途径、焦点黏附、糖酵解/糖异生、丙酮酸代谢、黑素原生成、Notch信号通路等多个信号通路被富集。显著差异表达基因主要与淅川乌骨鸡的生长性状、肉质性状、脂质性状、黑色素生成性状、免疫系统等多个生物性状相关。[结论]mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA作为淅川乌骨鸡基因转录组的重要组成部分,在淅川乌骨鸡的生长发育中发挥着重要作用。研究结果为解析淅川乌骨鸡胸肌生长发育过程的基因调控机制提供了参考。