肝细胞癌中ATP1B3基因表达及功能的生物信息学分析

摘要

目的探讨ATP1B3基因在肝细胞癌中的表达以及临床价值,预测ATP1B3基因在肝细胞癌发生发展中的作用。方法通过Oncomine及TIMER数据库分析ATP1B3 mRNA在不同肿瘤中的表达水平的差异性。利用HCCDB、Oncomine以及TCGA等数据库,分析ATP1B3 mRNA在肝细胞癌和正常肝组织中的表达情况,并分析ATP1B3的表达与临床病理特征及预后的关系。使用GSEA法对ATP1B3的正负相关基因进行富集分析。通过TIMER及GFPIA数据库分析肝细胞癌中ATP1B3的表达与免疫浸润程度的相关性。利用WebGestalt数据库对ATP1B3为核心的基因网络分析预测ATP1B3的靶向药物。结果ATP1B3 mRNA在肝细胞癌中的表达高于正常肝组织(P<0.05)。ATP1B3在不同肿瘤分级、分期中的表达差异有统计学意义(P<0.05),在不同性别、年龄、有无家族史、BMI、有无血管浸润及癌组织有无周围炎症等中的表达差异无统计学意义(P>0.05)。ATP1B3高表达组的总生存期及疾病特异性生存期均低于低表达组(P<0.05),且ATP1B3高表达是影响肝细胞癌病人总体生存预后的独立危险因素(P<0.05)。对ATP1B3正负相关基因进行富集分析得出:ATP1B3基因高表达的样本存在于核糖体、剪接体并影响RNA转运、MAPK信号通路等生物过程(P<0.01,FDR<0.05)。在肝细胞癌中ATP1B3基因的表达与免疫浸润相关(cor>0,P<0.05)。ATP1B3基因互作网络预测强心苷类药物可能是ATP1B3的靶向药物。结论ATP1B3可能是肝细胞癌潜在的致癌基因,其表达上调在肝细胞癌的发生发展过程发挥重要作用,并可能成为判断肝细胞癌病人预后的重要的生物学指标。