毛果杨AGO基因家族生物信息学分析

摘要

Argonautes(AGOs)蛋白是生物有机体中普遍存在的一类比较保守的蛋白质,在不同物种的RNAi及相关的途径中具有十分重要的功能,也调控着模式植物拟南芥的生长发育过程.该研究利用AGO蛋白的保守域在毛果杨基因组中进行同源比对,鉴定出毛果杨AGO基因家族成员13个,并对其成员进行了理化性质分析、motif结构比对、进化树构建、基因表达分析等.结果表明:毛果杨AGO基因家族成员基因长度为2463～3189bp,编码的蛋白质具有保守的Piwi、PAZ、DUF1785结构域.PtAGO基因分布于第1、6、8、9、10、12、14、15、16条染色体上,存在着串联重复序列.AGO蛋白定位于叶绿体、细胞核和胞质中,偏碱性和亲水性,具有较高的脂溶指数、不稳定性.基因组织表达分析表明,毛果杨PtAGO成员在不同组织中的表达有明显差异,在与木材形成相关的组织、器官中有较高的表达.