不同海拔饲育的麦洼牦牛肺脏组织转录组学分析

摘要

为了探讨牦牛适应高海拔低氧环境的基因表达特征与规律,对在高海拔(3 560 m)和低海拔(478 m)地区饲育4个月的2.5 ～3岁健康雄性麦洼牦牛肺组织进行转录组测序.转录组测序采用Illumina高通量测序平台(HiSeqTM2500/4000)进行,并以qRT-PCR验证差异表达基因的表达量.结果 显示,高海拔组牦牛肺脏转录组平均每个测序样本得到约5.76亿条Clean Reads,低海拔组牦牛得到约6.10亿条Clean Reads,比对到参考基因组上的Reads数分别占91.74％和91.28％以上,共发现了2 047个新转录本.低海拔组与高海拔组牦牛肺脏组织之间共有199个差异表达基因,其中含89个差异上调表达基因和110个差异下调表达基因.所得差异表达基因富集在297个GO条目和146个KEGG通路中,包含62个低氧适应相关的GO条目和35个低氧适应相关代谢通路.其中低氧适应相关GO条目在生物过程、细胞组成和分子功能三种类别中占比最多的分别为细胞粘附、蛋白复合物和钙离子结合.低氧适应相关KEGG通路中占比最多的为肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,其次为低氧诱导因子1(HIF-1)信号通路.qRT-PCR验证结果显示,Ⅱ类人类白细胞抗原α链(HLA-DOA、HLA-DRA)、补体因子(C2)和甘露糖结合凝集素相关丝氨酸蛋白酶1(MASP1)基因的表达量变化与转录组测序结果相符.本研究为全局和深入理解牦牛肺组织转录本表达对高海拔低氧的响应提供了有价值的切入点.