鲍曼不动杆菌携带前噬菌体的生物信息学分析

摘要

[目的]预测并分析82株全基因组测序的鲍曼不动杆菌前噬菌体的携带情况,鉴定前噬菌体编码的抗生素耐药基因和毒力因子.[方法]利用PHASTER (Phage Search Tool Enhanced Release)软件预测鲍曼不动杆菌携带的前噬菌体,采用CARD (The Comprehensive Antibiotic Research Database)和VFDB(Ⅵrulence Factors Database)在线分析软件预测前噬菌体编码的抗生素耐药基因和毒力因子.[结果]预测到472条鲍曼不动杆菌前噬菌体,其中完整型前噬菌体201条,疑似型前噬菌体91条,缺陷型前噬菌体180条.平均每株鲍曼不动杆菌基因组中可携带至少2条完整型前噬菌体.每株鲍曼不动杆菌所携带的全部前噬菌体占其基因组比例约为4％-6％.29条前噬菌体携带77个耐药基因,耐药表型共有14种,分别来自15个不同的家族,涵盖6种抗生素耐药的作用机制.132条前噬菌体编码毒力基因,归类为38种毒力基因和34种毒力因子.不同类型的前噬菌体普遍携带1-2种毒力因子,少数前噬菌体携带3种及以上毒力因子.分析毒力因子可能的宿主来源构成比发现,除鲍曼不动杆菌外,脑膜炎奈瑟菌、痢疾志贺氏菌、嗜肺军团菌及其亚种等也有较高的结构比例,是可能的宿主来源.[结论]鲍曼不动杆菌普遍携带前噬菌体,但前噬菌体基因在鲍曼不动杆菌基因组中所占比例不高.部分前噬菌体携带抗生素耐药基因,以氨基糖苷类、磺胺类及β-内酰胺类耐药为主.约30％的前噬菌体携带毒力基因.前噬菌体可能在鲍曼不动杆菌抗生素耐药性的获得、传播及致病性演变中发挥重要作用.