鳖源铜绿假单胞菌的分离鉴定及多位点序列与全基因组分析

摘要

【目的】查明引起湖北仙桃某中华鳖养殖场中华鳖发病死亡的病原及其特征。【方法】本研究分离患病中华鳖的病原，并结合形态特征、生理生化试验、16SrRNA基因鉴定，鉴定分离菌株；通过人工回归感染试验、药敏试验、全基因组测序与分析对分离菌株的致病性和耐药性进行研究；通过多位点序列分型（multilocus sequence type,MLST）分析，对分离菌株的流行情况进行探究。【结果】从患病中华鳖肝脏等部分分离到3株优势菌株HX8、FG10和GC20,16SrRNA基因同源性和生化特征分析鉴定为铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）。回归感染试验证实该菌株是引起本次中华鳖患病的病原菌。3株分离株的药敏实验结果基本一致，均对诺氟沙星、恩诺沙星等8种抗生素敏感，对氟苯尼考、多西环素、磺胺异恶唑等6种抗生素耐药。MLST鉴定表明，3株分离株均属于序列型（sequencetype,ST）252型，eBURST分析进一步显示ST252型与一些ST共同构成了克隆复合体（clonal complexes,CC） CC252，且ST252是CC252的原始序列型（founder ST）。全基因组测序结果显示，FG10的全基因组大小为5.65 Mb,GC含量为65.3%，共预测到5 956个编码序列（CDS）,GenBank登录号为JAJGXC000000000。通过与毒力因子数据库（the virulence factor database,VFDB）比对，预测到873个毒力相关因子，主要与黏附、分泌系统以及毒素等相关。通过与耐药基因数据库（the comprehensive antibiotic resistance database,CARD）比对，结果显示FG10中含有喹诺酮类、碳青霉烯类、肽类等抗生素的耐药相关基因。【结论】本研究分离获得了中华鳖的病原细菌铜绿假单胞菌，MLST分析推测了其流行情况，基因组数据揭示了其毒力及耐药基因，为防控水产养殖中铜绿假单胞菌感染提供了一定的参考依据。