竹鼠源细小病毒分离鉴定及全基因组序列分析

摘要

【目的】了解并掌握广西地区竹鼠细小病毒(Bamboo rat parvovirus,BRPV)的生物学特性及遗传变异情况,为BRPV的防控提供理论依据和技术支撑。【方法】用养殖场患病死亡的竹鼠病料制备组织上清液,采用Vero细胞同步接毒法进行病毒分离,通过细胞病变观察、PCR、透射电镜观察及血凝试验等方法鉴定,设计合成特异性扩增引物对BRPV全基因组序列进行测序分析。【结果】分离获得的病毒可在Vero细胞上稳定生长增殖,感染细胞变长、变梭或成拉丝状;病毒纯化后经电镜观察可见呈立体对称、无囊膜、直径20~25 nm的病毒粒子;经PCR鉴定、凝集试验及全基因组测序表明,分离株为BRPV。本研究共获得3株BRPV(GenBank登录号:MF497824、MF497825、MF497826),毒株基因组全长约4758 bp,全基因组序列比对发现,其与蝙蝠源细小病毒关系较近。BRPV基因编码氨基酸遗传特征与其宿主特异性有很强的相关性,NS 1基因编码氨基酸变异与蝙蝠及大鼠源细小病毒更接近,与其处于同一分支,核苷酸相似性为96.9%~97.6%,氨基酸相似性为97.5%~98.4%。其中第257和360位氨基酸属于高突变位点;基于VP 2基因编码氨基酸的遗传进化树显示,其进化树处在一个独立的分支上,与大鼠源及犬、猫等动物源细小病毒核苷酸相似性为58.3%~66.8%,氨基酸相似性为51.6%~63.0%。VP2蛋白第8、99、114、118、247和253位氨基酸存在宿主偏好性,第53和386位氨基酸属于高突变位点。【结论】本研究分离获得的BRPV为一种细小病毒,本研究结果明确了中国BRPV遗传特性及病毒粒子形态特征,为BRPV的流行病学调查及防控奠定了基础。