分子动力模拟法识别GPVI和10B12界面上的关键氨基酸残基

摘要

血小板上免疫球蛋白样受体GPVI与血管内皮下胶原的结合是血小板激活和稳定粘附的中心环节,单克隆抗体10B12因能抑制GPVI与胶原的结合而受到关注.为识别GPVI/10B12上的关键残基,作者提出了一种结合同源模建、刚性对接和分子动力学模拟的计算方法,通过观察系统平衡和自由分子动力学模拟过程中GPVI/10B12复合物结合面上氢键和盐桥的形成和演化,分析计算它们的生存率,最后引入残基相互作用指数RⅡ来度量参与相互作用残基的重要性.计算结果被突变实验证实有很高的准确度和特异性.说明RⅡ的计算机策略能很好地检测和预报结合面的关键残基.