APOBEC3B基因拷贝数变异与乙肝相关性肝细胞癌易感性

摘要

背景和目的：乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)感染是导致肝细胞癌发生的重要环境病因因素。然而，病毒感染以及感染后是否引起肝癌存在巨大的个体差异，提示存在个体遗传易感性。拷贝数变异(CNV)是基因组最重要的结构变异之一，在许多复杂性疾病的易感性中起重要作用。本研究分析对病毒有重要抑制作用的天然免疫分子APOBEC3B(APOBEC3B)拷贝数变异与HBV感染以及肝细胞癌发病风险的关系。
　　 方法：首先运用高密度SNP芯片，检测肝细胞癌患者(n=25)和正常对照(n=25)外周血淋巴细胞DNA的CNV以寻找差异。继而运用实时定量PCR对具有差异的CNV进行验证。经证实的APOBEC3B拷贝数变异以PCR方法，在HBV相关肝细胞癌患者(n=517)、慢性乙肝患者(n=400)和正常对照(n=501)进行基因型分析。以多变量logistic回归计算的比值比(OR)及其95％可信区限(CI)评估APOBEC3BCNV与肝癌发病风险的关系。此外，我们用实时定量PCR检测了不同基因型个体肝组织中APOBEC3B的表达情况；构建了不具有DNA编辑功能的突变体APOBEC3BE255A，运用不同变性温度的3D-PCR和实时定量PCR检测APOBEC3B及APOBEC3BE255A对HBV复制的抑制作用；以DNA测序确证APOBEC3B对HBV基因组的编辑作用。
　　 结果：基因型分析发现，肝细胞癌患者中APOBEC3Bdel/del纯合子基因型为12.9%，显著高于慢性乙肝患者的7.5%(OR=1.92，95%CI=1.05-3.52;P=0.034)和正常对照的6.4%(OR=3.16;95%CI=1.98-5.05;P＜0.001)，APOBEC3Bins/del杂合子基因型为47.1%，高于正常对照的36.5%（OR=1.84，95%CI=1.41-2.40;P＜0.001）和乙肝患者的45.0%(OR=1.54，CI=1.06-2.24;P=0.025)。慢性乙肝患者中APOBEC3B缺失基因型（del/del和ins/del）频率也显著高于正常对照(OR=1.51，95%CI=1.07-2.12;P=0.018)。实时定量PCR检测证明，del/del基因型肝脏中无APOBEC3BmRNA表达。体外实验发现APOBEC3B转染可使HepG2细胞中HBVmRNA表达水平显著降低，并可对HBV基因组进行编辑产生G＞A突变。
　　 结论：这些结果表明，APOBEC3B基因缺失是HBV相关肝细胞癌和慢性肝炎发病的易感因素，其原因可能是APOBEC3B基因缺失直接减弱了细胞对HBV基因组的编辑和对HBV的直接抑制作用。

目录

图表索引

中英文缩略语

前言

材料和方法

主要仪器

主要试剂

主要试剂配制

研究对象

实验方法

结果

全基因组拷贝数变异分析

APOBEC3B 拷贝数变异的病例对照分析

APOBEC3B 拷贝数变异与慢性乙型肝炎和肝细胞癌发病风险

APOBEC3B 变异基因型不同个体肝组织中表达差异

APOBEC3B 对 HBV 基因组编辑的作用

APOBCE3B 对 HBV 复制的影响

讨论

结论

参考文献

基金资助

综述

致谢

个人简历

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