云岭牛和婆罗门牛性情性状的GWAS研究

目录

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主要符号对照表

第一章 黄牛性情性状遗传选育的研究进展

1.1 性情的定义和重要性

1.2 性情性状的定义和测量

1.2.1 肉牛的操作性状

1.2.2 奶牛的挤奶性状

1.2.3 其他性状

1.3 品种内或品种间性情性状的遗传变异

1.3.1 品种差异

1.3.2 品种内性情性状的遗传变异

1.3.3 生产性状的选择对性情的影响

1.3.4 分子方法：QTL 和GWAS

1.3.5 性情性状在选择育种中的利用

1.4 性情性状选择的壁垒

1.5 性情性状选育的前景

1.6.1 云岭牛的性情

1.6.2 婆罗门牛的性情

第二章 云岭牛的全局和局部祖先比例分析

2.1 引言

2.2 材料和方法

2.2.1 样品采集和基因组测序

2.2.2 reads 比对和SNP检测

2.2.3 核苷酸多样性和连锁不平衡检测

2.2.4 全局祖先比例分析

2.2.5 局部祖先比例推断

2.3 结果与分析

2.3.1 云岭牛与婆罗门牛全基因组SNP的鉴定和核苷酸多样性

2.3.2 云岭牛的全局祖先比例

2.3.3 云岭牛的局部祖先比例

2.4 讨论

2.5 小结

第三章 云岭牛和婆罗门牛逃离反应性状的GWAS 分析3.1 引言

3.2.1 表型测定

3.2.2 遗传分析

3.3.1 逃离反应性状的表型变异

3.3.2 家牛逃离反应性状的相关基因座位

3.4 讨论

3.5 小结

第四章 云岭牛和婆罗门牛神经递质浓度的GWAS 分析

4.1 引言

4.2.1 试验动物

4.2.2 表型检测和分析

4.2.3 基因组测序、比对和SNP检测

4.2.3 GWAS分析

4.3 结果与分析

4.3.1 神经递质浓度与家牛体尺性状的关系

4.3.2 家牛5 项神经递质浓度的相关基因座位

4.4 讨论

4.5 小结

第五章 云岭牛和婆罗门牛旷场测试和新物体测试相关性状的GWAS分析

5.1 引言

5.2.1 动物群体

5.2.2 性情性状检测

5.2.3 表型分析

5.2.4 样品采集、基因组测序和SNP检测

5.2.5 GWAS分析

5.2.6 GWAS相关座位的功能注释

5.2.7 通路分析

5.2.8 组织特异性表达分析

5.3 结果与分析

5.3.1 性情性状的变异及其对家牛体尺性状的影响

5.3.2 旷场测试相关性状的两品种全基因组关联分析

5.3.3 新物体测试相关性状的两品种全基因组关联分析

5.3.4 云岭牛单品种的全基因组关联分析

5.4 讨论

5.5 小结

第六章 结论和创新点

6.1 结论

6.2 创新点

参考文献

致谢

个人简历