壳斗目栗属植物比较叶绿体基因组与系统发育研究

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第一章 绪论

1.1壳斗目植物研究概况

1.2叶绿体基因组研究概况

1.3基于叶绿体基因组的物种条形码研究

1.4系统发育关系的构建

1.5研究内容与目的与意义

第二章 栗属叶绿体基因组比较分析

2.1材料方法

2.1.1栗属植物材料采集与DNA提取

2.1.2栗属基因组Illumina测序

2.1.3叶绿体基因组的组装与注释

2.1.4重复分析

2.1.5栗属叶绿体基因组IR/SC边界比较分析

2.1.6叶绿体基因序列变异分析

2.1.7栗属序列核苷酸替换速率物种适应性分析

2.1.8栗属植物叶绿体基因组条形码研究

2.2结果与分析

2.2.1栗属叶绿体基因组组装结果

2.2.2栗属叶绿体基因组的基本特征

2.2.3重复分析

2.2.4栗属叶绿体基因组边界比较分析

2.2.5叶绿体基因序列变异分析

2.2.6栗属序列核苷酸替换速率物种适应性分析

2.2.8 栗属植物叶绿体基因组DNA条形码研究

2.3讨论

2.3.1栗属叶绿体基因组的序列

2.3.2栗属叶绿体基因组变异热点区域

第三章 壳斗目植物的叶绿体基因组系统发育构建

3.1材料方法

3.1.1壳斗目叶绿体基因组

3.1.2 壳斗目叶绿体基因组变异与共线性分析

3.1.3系统发育关系分析方法

3.2 结果

3.2.1壳斗目基本信息特征统计

3.2.2壳斗目序列变异与共线性分析

3.2.2壳斗目与栗属植物系统发育树构建

3.3 讨论

3.3.1 壳斗目植物比较分析

3.3.2 壳斗目与栗属植物系统发育

参考文献

附录

致谢