L210F突变对CRAC离子通道影响的分子动力学研究

目录

声明

摘要

符号说明

1．1研究背景

1．1．1细胞内的钙离子信号与钙通道

1．1．2钙库操纵性钙内流

1．1．3 CRAC相关蛋白的结构和功能

1．1．4生理条件下CRAC通道的开启机制

1．1．5突变体对通道的影响

1．2本论文的研究目的和研究内容

1．2．1研究目的

1．2．2研究内容

1．3研究方法

第2章分子动力学模拟方法

2．1分子动力学模拟的发展简史

2．2基本原理

2．3势能函数和力场

2．3．1势能函数的一般形式

2．3．2非键相互作用

2．3．3成键相互作用

2．3．4几种常见的力场

2．4分子动力学中的积分算法

2．4．1蛙跳式积分算法

2．4．2速度Verlet积分算法

2．5周期性边界条件和截断半径

2．5．1几种常见的盒子

2．5．2截断限制

2．6初始条件和时间步长的选择

2．6．1初始条件

2．6．2时间步长

2．7温度和压力耦合方法

2．7．1温度耦合方法

2．7．2压力耦合方法

2．8键长约束方法

2．8．1 SHAKE算法

2．8．2 LINCS算法

2．9模拟算法的流程

第3章L210F突变对CRAC离子通道自身构象的影响

3．1引言

3．2研究方法

3．2．1 CHARMM-GUI搭建模拟体系

3．2．2分子动力学模拟

3．2．3分析

3．3结果与讨论

3．3．1模拟过程中体系的稳定性

3．3．2野生型和L210F突变型模拟的结构分析

3．3．3残基的旋转角

3．4本章小结

第4章L210F突变对CRAC离子通道周围环境的影响

4．1引言

4．2结果与讨论

4．2．1氯离子分布

4．2．2钠离子分布

4．2．3水分子分布

4．3本章小结

第五章总结与展望

参考文献

致谢

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