不同饲养模式对猪肠道菌群结构的影响研究

摘要

不同的饲养环境是影响猪肠道菌群多样性的重要因素，肠道菌群结构在猪免疫防御、营养代谢等方面起到至关重要的作用。目前林下养殖和圈舍养殖模式较为流行，但关于饲养模式对猪肠道菌群结构的作用与特点等相关研究却甚少，影响这些模式在市场上的有效推广和实践应用。
　　本研究选择林下养殖和圈舍养殖两种肥育猪饲养模式，其中圈养采用场方常规水泥地饲养形式，选择常规饲粮，林下养殖模式采用结合补饲常规饲粮;供试猪选择淮猪(H)和杜长大(DLY)杂交猪，供试猪试验开始前进行去势、驱虫和防疫处理;试验期3个月，90kg-100kg体重屠宰时采集圈舍养殖和林下养殖两种模式的淮猪(H)和杜长大(DLY)杂交猪各3份（共12份）肠道粪便样本，利用试剂盒提取基因组DNA，通过Illumina高通量测序技术对16s rDNA基因的V4可变区进行测序并分析。
　　研究表明:
　　1.淮猪肠道菌群由15个门，15个纲，18个目，27个科，31个属的细菌群落组成，三元杂交猪由16个门，17个纲，19个目，29个科，32个属细菌群落组成。两种猪的猪肠道菌群具有明显的差异性，三元杂交猪比淮猪的肠道菌群更具有多样性。
　　2.不同饲养模式猪肠道粪便微生物具有较高的多样性，所有样本共检测出1133个物种。林下养殖猪肠道菌群由15个门，17个纲，19个目，29个科，32个属的细菌群落组成，圈养的猪肠道菌群由15个门，17个纲，18个目，27个科，29个属的细菌群落组成。两种饲养模式下的猪肠道菌群差异明显，林下散养的猪比圈养的猪肠道菌群更具有多样性。
　　3.检测获得的菌群主要分15大门:拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌(Actinobacteria)、拟杆菌(Bacteroidetes)、衣原体(Chlamydiae)、梭菌门(Fusobacteria)、无壁菌类(Tenericutes)、疣微菌（Verrucomicrobia）和螺旋体门（Spirochaetes等，其中拟杆菌门、厚壁菌门比例最高，为肠道内的优势菌。但两种菌群在不同饲养模式的丰度具有差异性，拟杆菌门在林下散养的淮猪中相对丰度最高(62.22％)，在圈养的DLY中相对丰度最低(33.42％)(P＜0.01)。

目录

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论文说明

摘要

文献综述

1 我国生猪养殖业的发展现状

2 我国养猪业的主要饲养模式

2．1 传统农户散养

2．2 规模化养殖

2．3 林下养殖

3 不同饲养模式对猪生产性能的影响

3．1 不同饲养模式与猪生长性能之间的关系

3．2 不同饲养模式与猪胴体品质、肉质之间的关系

3．3 不同饲养模式与猪疾病之间的关系

4 猪肠道微生态及其作用

4．1 与动物肠道菌群多样性相关的因子

4．2 肠道菌群的作用

5 尚需探讨的科学问题

1 引言

2 材料与方法

2．1 饲养试验

2．1．1 供试猪与分组

2．1．2 饲养模式设定

2．2 粪便样品的采集与处理

2．3 样品DNA的提取

2．4 DNA样本纯度、浓度的检测

2．5 PCR扩增、文库构建

2．6 生物学信息学分析

2．6．1 OTU及其丰度分析

2．6．2 物种及其丰度分析

2．6．3 样品多样性分析

3 结果与分析

3．1 结果质控分析

3．1．1 DNA提取质控(去掉第一张图片，只保留下张即可)

3．1．2 测序结果质控

3．2 不同饲养模式下肠道微生物的丰度

3．2．1 OTU丰度

3．2．2 物种注释

3．3．1 Alpha多样性指数分析

3．3．2 PCA主坐标分析

4 讨论

4．1 不同饲养模式下肠道微生物群落结构组成

4．2 不同饲养模式下三元杂交猪与淮猪肠道菌群差异性分析

4．2．1 三元杂交猪比淮猪的肠道菌群更具有多样性

4．2．2 林下养殖的肠道菌群比三元杂交猪更具有多样性

5 结论

参考文献

致谢

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