基于细胞关系矩阵自我更新开发的单细胞RNA--seq聚类新方法

目录

第1章 绪 论

1.1 课题来源和研究目的及意义

1.2.1 scRNA-seq实验技术进展

1.2.2 单细胞转录组测序的应用

1.3 单细胞转录组测序分析方法概述

1.3.1 数据降维

1.3.2 特征选择

1.3.3 缺失值插补

1.3.4 用于识别细胞类群的无监督聚类方法

1.3.4 单细胞转录组测序的基因差异表达分析方法

1.3.5 单细胞转录组测序的伪时间序列分析方法

1.4.1 主要研究内容

1.4.2 技术路线

第2章 实验材料与方法

2.1 实验材料

2.1.1 Tabula Muris数据集

2.1.2 Mouse Cell Altas数据集

2.1.3 程序包及版本

2.2 实验方法

第3章 切比雪夫大数聚类算法的设计及相关性质理论证明

3.1 引言

3.2 细胞-细胞相似度矩阵的统计性质及其证明

3.3“重相似度”变换性质的证明

3.4 基于细胞-细胞关系矩阵性质开发出切比雪夫大数聚类算法

3.5 本章小结

第4章 切比雪夫大数聚类算法的仿真实验

4.1 引言

4.2 仿真数据集的生成以及对统计性质的测试

4.3“重相似度”变换后k值选取的准确性分析

4.4 k值选取的稳定性测试

4.5 本章小结

第5章 切比雪夫大数聚类算法在单细胞数据集中测试

5.1 引言

5.2 在小鼠细胞图谱中对膀胱组织细胞的聚类分析

5.3 与其他聚类方法的比较

5.4 切比雪夫大数聚类算法的后续功能开发

5.5讨论

5.6 本章小结

结论

参考文献

附录

声明

致谢