中国地方山羊品种群体遗传结构和选择信号分析

摘要

我国山羊品种资源丰富，特征明显，具有高繁、抗逆、耐粗饲等特性。山羊遗传资源的保护和开发利用，是我国羊产业发展的重要基础。但是随着近年来畜牧业飞速发展以及外来优良品种的大量引进，地方山羊的遗传多样性和种质特性受到一定的威胁，因此研究我国山羊品种的种群历史、群体结构、遗传多样性和基因组选择痕迹，可以摸清我国山羊遗传资源家底，为优良山羊品种的保护和利用提供理论依据。因此本论文利用Illumina 山羊SNP 50K Beadchip对我国14个山羊品种和2个野生山羊种群共计240个个体进行了遗传多样性、群体遗传结构和基因组选择痕迹分析，并根据此结果提出了我国山羊遗传资源保护的相关对策，获得相关结果如下：　　（1）遗传多样性分析发现戴云山羊的近交系数最高，杂合度最低；而新疆山羊的近交系数最低，杂合度最高，说明戴云山羊品种内存在着一定程度的近交，遗传多样性不丰富。利用主成分分析（PCA）、STRUCTURE、NETVIEW和邻接（NJ）树分析群体遗传结构，结果表明我国地方山羊品种可以划分为三个类群：北方群体、西南群体和南方群体；野生岩羊和北山羊则与北方群体的聚类关系更近；群体遗传结构分析还显示成都麻羊存在闭锁繁育和高度近交。　　（2）采用XP-EHH和iHS统计方法分析中国地方山羊品种的选择痕迹，发现在野生和高原对比选择信号中，在8、14和1号染色体强的受选择窗口找到了一些未知功能的基因如PLGRKT 、LOC106502473、LOC1021856、XXYLT1等，但它们的功能有待进一步验证。高海拔和低海拔选择信号发现JAK2可能和高原适应性相关。14个家养品种选择信号中，发现出CSN3可能和繁殖性状相关，ELK3、FGF5可能和生长性状相关。　　（3）根据山羊群体遗传结构和基因组选择信号分析结果提出了以下建议：制定山羊遗传资源保护规划和保种“优先次序”；制定戴云山羊和成都麻羊保护方案；进行种质资源的深度挖掘和分子评价；建立遗传资源保种效果的分子评价与监测技术；继续进行基因组遗传信息保种的研究与应用；要加强山羊品种资源的调查工作；保种和开发利用相并举。

目录

第一个书签之前