中国南方主要地方山羊品种遗传多样性及进化特征的研究

摘要

测定了饲养在中国的11个家养山羊品种(包括4个引进品种)72个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-环)全序列，结果表明控制区全序列长度为1，212bp或1，213bp，共检测到276个变异(突变)位点，占分析位点总数的22.56﹪，其中简约信息位点175个，单一多态位点81个，所有这些突变均为两核苷酸间的变异；同时，本次试验在中国本地山羊的序列中也检测到T()C,G()A颠换的发生。颠换发生的频率在0.0825﹪(简阳大耳羊)～0.66﹪(昭通山羊)之间，其中，马头山羊、榕江小香羊的核苷酸序列的颠换发生率均为0.413﹪，与作为外群参与分析的野生山羊(Capraaegagrus和Caprafalconeri)的颠换发生频率(0.436﹪)相似。在碱基的l,075位有一个核苷酸的插入/缺失。 所有序列的TajimaD中性检验结果不显著(P＞0.10或0.05＜P＜0.10)，说明序列均为选择性中性，同时也表明中国南方山羊品种在过去没有出现群体扩张。无论国内家养山羊，还是引进品种均表现出了较高的核苷酸多样度(Pi)和单倍型多样性(H)。整个家山羊群体的平均核苷酸差异数为19.475，核苷酸多样度为(1.608±0.09)﹪，这些差异共定义了60种单倍型，单倍型多样性为0.977。其中，中国家养山羊7个品种有40种单倍型，引进的4个品种有20种单倍型。中国南方山羊的单倍型多样性(0.973)比引进品种(0.903)高，但引进品种的核苷酸多样性(1.731﹪)、单倍型间的平均距离(0.0187)、单倍型间的平均核苷酸差异数(19.475)高于中国南方山羊品种(分别为1.531﹪、0.0151和18.554)，但差异均不显著(P＞0.05)。表明中国家养山羊的遗传多样性较为丰富，且品种间表现出弱的遗传结构。 将本研究测定的73条mtDNA的D环全序列与文献报道的76条家山羊序列、2种野山羊(角猾羊和捻角山羊)的D环序列结合分析发现，文献报道的单倍型仅有3种在中国南方地方山羊品种中存在。各家养山羊品种间平均核苷酸差异数为19.475(7.50～30.42)，平均核苷酸差异率为1.607﹪(0.619﹪～2.512﹪)。品种间的Kimura双参数距离变异较大(0.0008～0.0315)。许多品种都具有独特的单倍型类型，只有2种单倍型在品种间有共享。各单倍型在品种间和品种内的分布和频率也不平衡，显示出山羊mtDNA控制区(CR，D-loop)序列具有较为丰富的遗传多样性，尤其是在国内地方山羊品种(系)中，D-loop序列的核苷酸单倍型之间没有共享性，大多数为各品种(系)所特有的单倍型。

目录

文摘

英文文摘

1文献综述

2山羊mtDNA控制区(D-环)序列多态性与系统进化研究

2.1山羊mtDNA控制区D-环序列多态性研究

2.3家养山羊的系统发育初步研究

2.4分析与讨论

结论

致谢

参考文献

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附图