中国主要地方鸭种线粒体DNA部分序列的遗传多样性及其起源进化研究

摘要

本文共测定了中国家鸭和野鸭265个个体线粒体DNA D-loop区523bp序列，另外还测定了27个样本的线粒体细胞色素b基因(Cytb)546bp序列片段，番鸭2个群体的56个个体mtDNA D-loop区549bp片段。对这些序列片段及其它已经发表的相应序列片段进行了邻接法、网络图法等分析，得出如下主要结论： 1、本试验所扩增中国家鸭线粒体DNA D-loop区片段平均长度为522.9bp，A+T含量为48.6％，G+C的含量为51.4％，A+T含量略低于G+C的含量。 2、在中国家鸭线粒体DNA D-loop片段525个位点中共检测到28个多态位点，占5.3％，其中单一多态位点14个(50.0％)，简约信息位点14个(50.0％)。共发现转换、颠换、插入/缺失，以及转换和颠换在同一位点上4种变异类型。 3、中国家鸭线粒体DNA D-loop遗传多样度低，品种间的平均核苷酸差异数为1.099，品种间平均核苷酸多样度为0.00214±0.00018；单倍型多样度变异范围为0.133±0.112-0.752±0.076。 4、10个中国家鸭品种mtDNA Cytb基因546bp片段中，T、C、A、G的平均含量分别为23.0％、37.7％、26.2％、13.0％，A+T的含量为49.2，G+C的含量为50.8％，密码子一、二、三位点的优势碱基分别为C、T和C；成功编码181个氨基酸，含有20种氨基酸，含量最少的为Cys(0.55％)，而Leu含量最高，达到19.89％。 5、在所测定的10个品种27个个体mtDNA Cytb基因546bp片段中，共检测到7种单倍型，单倍型多样度为0.504±0.114；7个变异位点，包括4个颠换(57.1％)，3个转换(42.9％)，核苷酸多样度为0.00155±0.00054；4个位点的变异发生在密码子的第三位点，3个位点的变异发生在密码子的第一位点。本试验结果与先前报道的结果差异较大，主要是颠换发生的比例高，非同义替换也达到了42.9％。 6、中国家鸭品种mtDNA Cytb基因546bp片段同义密码子的使用出现较大的偏倚性。 7、中国绿头野鸭母系起源属于单倍型类群A，其地理分布与Kulikova等(2004，2005)的结论一致；中国家鸭起源于绿头野鸭，在品种形成过程中掺入了少量斑嘴鸭血缘；中国家鸭具有单一的母系起源，我国家鸭品种间遗传差异小。 8、中国饲养的番鸭遗传多样度低；中国番鸭2个群体56个个体mtDNA D-loop区549个位点中共检测到11个多态位点(2.0％)，其中单一多态位点7个(63.6％)，简约信息位点4个(36.4％)；确定了10种单倍型，其中单倍型H3是主体单倍型，33次。核苷酸多样度为0.00245±0.00043，单倍型多样度为0.631±0.068。

目录

文摘

英文文摘

声明

第一章文献综述

1畜禽遗传资源多样性研究

1.1畜禽遗传多样性概念

1.2畜禽遗传多样性现状及研究必要性

2畜禽遗传多样性评估方法

2.1形态学水平

2.2染色体水平

2.3等位酶水平

2.4 DNA水平

3线粒体DNA

3.1动物线粒体DNA的结构

3.2动物线粒体DNA的特点

3.3动物线粒体DNA序列分析方法

3.4 DNA序列分析的基本数学模型

3.5线粒体DNA在动物遗传多样性与起源进化研究中的应用

4鸭遗传资源与多样性研究概况

4.1家鸭和番鸭的历史及起源

4.2中国家鸭品种资源现状

4.3鸭的遗传多样性研究

5本研究的目的与意义

第二章中国家鸭线粒体DNA(mtDNA)序列遗传多样性研究

1中国家鸭mtDNA D-loop区序列多态性研究

1.1材料与方法

1.2数据处理

1.3试验结果

1.4分析与讨论

1.5结论

2中国家鸭mtDNA Cytb基因部分序列多态性研究

2.1材料与方法

2.2试验结果与分析

2.3分析与讨论

2.4结论

3中国家鸭系统发生关系研究

3.1材料与方法

3.2结果

3.3分析与讨论

3.4结论

第三章中国番鸭mtDNA序列遗传多样性研究

1材料与方法

1.1样品来源及采集

1.2试验方法

1.3数据分析

2试验结果

2.1 PCR扩增、回收纯化检测的琼脂糖电泳图谱和序列图谱

2.2中国番鸭mtDNA D-loop序列多态性

2.3中国番鸭mtDNA D-loop遗传结构

2.4中国番鸭系统发生关系研究

3分析与讨论

3.1中国番鸭遗传结构

3.2中国番鸭母系起源研究

4结论

参考文献

总结

攻读博士期间论文论著及科研项目情况

致谢