肺癌个体化表位抗原的预测分析平台构建

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摘要

缩略语表

第一章 绪论

1．1引言

1．2肺癌基因突变研究

1．3肿瘤免疫治疗简介

1．4人类白细胞抗原HLA

1．4．2 HLA-Ⅰ类分子

1．4．3 HLA-Ⅱ类分子

1．5人体免疫过程

1．6高通量测序技术

1．7表位预测手段

1．8主要研究内容

第二章数据获取与分析方法

2．1引言

2．2全外显子组测序样本的收集与处理

2．2．1全外显子组样本测序

2．2．2高通量测序结果评价

2．2．3测序结果的前处理

2．2．4测序结果的突变检测

2．2．5突变位点的注释

2．2．6 HLA类型的检定

2．3 RNA-seq数据获取与处理

2．3．1肺癌样本的获取

2．4 TCGA肺癌数据的获取与处理

3．1引言

3．2肺癌特异性突变与驱动基因

3．2．1肺癌样本的初步统计

3．2．2使用两种不同算法分析肺癌驱动基因

3．2．3突变基因的具体研究

3．3本章小结

第四章肺癌个体化突变的表位抗原分析

4．1引言

4．2个体化肽段的生成方法

4．2．1对患者HLA类型的检定

4．2．2突变位点周围氨基酸片段的获取

4．2．3 Class-Ⅰ类分子的预测结果

4．2．4 Class-Ⅱ分子的表位预测结果

4．2．5预测结果的矫正

4．3个体化表位抗原预测平台

4．4本章小结

5．1总结

5．2展望

参考文献

附录

致谢

攻读学位期间发表的学术论文

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