第1章 绪论
1.1.1 研究背景
1.1.2 研究的目的与意义
1.2 基因组数据压缩的相关背景知识
1.2.1 高通量因组测序平台
1.2.2 基因组测序数据
1.2.3 基因组序列数据
1.3 研究现状概述
1.3.1 基因组序列数据压缩的研究现状
1.3.2 基因组测序数据压缩的研究现状
1.4 所存在的主要问题
1.5 本文的内容安排
第2章 基于信息熵的基因组序列数据无损压缩方法
2.1 引言
2.2 基于信息熵的基因组序列数据无损压缩算法
2.2.1 算术编码
2.2.2 信息熵的计算分析
2.2.3 信息熵与最优有限上下文之间关系分析
2.3 基于信息熵的基因组序列数据无损压缩实验结果与分析
2.3.1 实验数据描述
2.3.2 基于信息熵的基因组序列数据无损压缩性能分析
2.4 本章小结
第3章 基于深度学习的基因组序列数据无损压缩方法
3.1 引言
3.2 基于神经网络混合模型的基因组序列数据无损压缩算法
3.2.1 卷积神经网络的基因组局部特征识别
3.2.2 循环神经网络的基因组全局特征识别
3.2.3 神经网络混合模型的基因组特征识别
3.3 基于神经网络混合模型的基因组序列数据无损压缩实验结果
3.3.1 实验数据描述与预处理
3.3.2 实验设置
3.3.3 神经网络混合模型模型的训练
3.3.4 基于神经网络混合模型的基因组序列数据无损压缩实验结果
3.3.5 基于神经网络混合模型的基因组序列数据无损压缩方法性能分
3.4 本章小结
第4章 基于序列纠错的基因组测序数据无损压缩方法
4.1 引言
4.2 基于序列纠错的基因组测序数据无损压缩算法
4.2.1 基因组测序数据序列错误分析
4.2.2 基因组测序错误对压缩的影响
4.2.3 基因组测序数据纠错方法
4.2.4 基因组测序数据的分桶方法
4.2.5 桶内基因组测序数据的压缩方法
4.3 基于序列纠错的基因组测序数据无损压缩实验结果与分析
4.3.1 实验数据描述
4.3.2 基于序列纠错的基因组测序数据无损压缩实验结果
4.3.3 基于序列纠错的基因组测序数据无损压缩性能分析
4.4 本章小结
第5章 基于动态de Bruijn图的基因组测序数据无损压缩方法
5.1 引言
5.2 基于动态de Bruijn图的基因组测序数据压缩的算法
5.2.1 基因组测序数据重排序对提高压缩效果的理论分析
5.2.2 基因组测序数据的分桶
5.2.3 动态de Bruijn图的构建
5.2.4 桶内基因组测序数据的压缩
5.2.5 基因组测序数据的压缩结果注释
5.2.6 基因组测序数据的解压缩
5.3 基于动态de Bruijn图的基因组测序数据无损压缩实验结果与
5.3.1 时间和空间复杂度分析
5.3.2 实验数据描述
5.3.3 基于动态de Bruijn图的基因组测序数据无损压缩实验结果
5.3.4 基于动态de Bruijn图的基因组测序数据无损压缩性能分析
5.4 本章小结
结论
参考文献
攻读博士学位期间发表的论文及其他成果
声明
致谢
个人简历
