新疆汉族与哈萨克族HLA-DRB1、DQB1、DPB1等位基因频率与结核病相关性研究及新基因的发现

摘要

目的：
　　1、探讨新疆汉族HLA-DRB1、DQB1和DPB1基因频率与结核病的关联性，寻找与结核病可能相关的HLA易感基因。
　　2、研究新疆哈萨克族HLA-DRB1、DQB1和DPB1基因多态性与结核病的关联，寻找与哈萨克族结核病可能相关的HLA易感基因。
　　3、寻找HLA新等位基因。
　　方法：
　　1、采用回顾性病例—对照分析法,应用以DNA测序为基础的基因分型方法（PCR-SBT）对我国新疆石河子汉族92例肺结核患者和96例健康对照者在HLA-DRB1、DPB1 DQB1位点进行位点分型。
　　2、采用同样方法，对新疆沙湾哈萨克族45例肺结核病例者和90例新疆哈萨克健康对照者分别进行HLA-DRB1和DQB1及DPB1位点的等位基因分型，统计采用X2检验、P值计算、单倍型计算，研究不同等位基因频率与新疆哈萨克族结核病关联性。
　　3、采用基因克隆和DNA测序技术，对怀疑新基因样本“wp47”进行深入研究，鉴定出新的等位基因。
　　结果：
　　1、研究发现汉族人病例组中，HLA-DRB1*07:01、DQB1*03:01频率高于对照组（15.8％ vs8.3%, X2=4.92，P=0.027, P<0.05；28.3% vs13.5%, X2=14.144, P=0.000, P<0.05）；肺结核组中DPB1*02：01基因频率明显低对照组（18.5%vs28.1%, X2=4.877, P=0.027, P<0.05）。单倍型中，DRB1*11:01-DQB1*03:01- DPB1*05:01、DRB1*09:01-DQB1*03:03-DPB1*05:01、DRB1*07:01-DQB1*02:02、DQB1*03:01-DPB1*05:01和DQB1*03:03-DPB1*05:01单倍型频率病例组显著高于对照组（5.6%vs1%，X2=5.86, P=0.015, P<0.05；8.9%vs1.6%，X2=9.964, P=0.002, P<0.05；10.9%vs4.7%, X2=5.045, P=0.025, P<0.05；15.8%vs7.5%,X2=6.65, P=0.01, P<0.05；9.8%vs2.3%, X2=8.431, P=0.004，P<0.05)，通过检验发现病例-对照有显著差异。
　　2、哈萨克族人群HLA-DRB1基因频率在病例组与对照组之间的差异无显著性（P>0.05）；病例组DQB1*03:02基因频率明显低于对照组（3.3%vs11.7%，X2=5.145, P=0.023, P<0.05, OR:0.261[0.076-0.900]），差异具有显著性；而病例组DQB1*05:01和DPB1*04:01基因频率较对照组显著增高(13.3%vs5.6%, X2=4.850, P=0.028, P<0.05, OR=2.615，95%CI[1.084-6.312]；36.7%vs23.3%, X2=5.317, P=0.021, P<0.05, OR=1.902,[1.097-3.299]95%CI），运用分析得出病例-对照差异显著。病例组DRB1*03:01-DQB1*02:01-DPB1*04:01单倍型频率显著高于对照组（8.9%vs2.4%, P=0.023, P<0.05, OR=4.29,95%[1.257-14.664]），统计学分析提示差异具有显著性。
　　3、证实新等位基因：“WP47”样本DRB1基因型为HLA-DRB1*12:01，16:new。新等位基因HLA-DRB1*16:new与DRB1*16:23相比，在2号外显子第227位上A>T,在第236位置上T>C碱基，被国际组织指定为：DRB1*16:36。
　　结论:
　　1、新疆汉族人群HLA-II，DR区的DRB1*07:01及DQ区的DQB1*03:01基因可能为结核病易感基因； DPB1*02:01基因可能是保护基因；单倍型DQB1*03:01-DPB1*05:01、DQB1*03:03-DPB1*05:01、DRB1*11:01-DQB1*03:01-DPB1*05:01、DRB1*09:01-DQB1*03:03-DPB1*05:01可能是汉族人群患肺结核的风险单倍型。
　　2、在新疆哈萨克族肺结核患者与健康人群之间未发现HLA-DRB1基因频率有明显统计学差异；DQB1*03:02在健康对照组中基因频率明显增高，提示可能为哈萨克族结核病保护基因；病例组DQB1*05:01和DPB1*04:01基因频率明显高于对照组，提示可能为哈萨克族结核病易感基因，病例组DRB1*03:01-DQB1*02:01-DPB1*04:01单倍型频率显著高于对照组，统计学分析提示差异具有显著性，提示可能为哈萨克族易感单倍型。
　　3、证实新的人类主要组织相容性复合体等位基因HLA-DRB1*16:36,并被正式命名。