固始鸡-安卡鸡F代资源群PPARα基因多态性的研究

摘要

PPARa基因属于核激素受体超家族的成员之一,在脂类代谢中起着重要作用。本研究采用PCR—SSCP、CRS—PCR—RFLP、DNA测序等方法检测了固始鸡-安卡鸡F2代资源群849只个体PPARa不同基因片段的多态性,对单核苷酸多态性进行了群体遗传学分析,同时进行了基因多态位点与经济性状的关联分析,结果如下:
　　 1、经过PCR—SSCP检测发现P1扩增片段上有一个A→T错义突变(g.A23884T),通过BglⅡ酶切出现AA和AB两种基因型；P3扩增片段上发现一个G—A错义突变(g.G29201A),通过BsiEI酶切出现CC和CD两种基因型；P4扩增片段上发现一个T→C同义突变(g.T32311C),通过BspHI酶切出现EE、EF、FF三种基因型。
　　 2、将鸡PPARa基因不同位点多态性与屠体性状进行相关分析,结果表明,P1位点不同基因型对肝脏重和肝脏率的影响差异显著(P<0.05)；P3位点不同基因型对胰腺率的影响差异显著(P<0.05)；P4位点FF基因型的肌胃重大于EF基因型,差异极显著(P　　 3、将鸡PPARa基因不同位点多态性与脂肪、肉质性状进行相关分析,结果表明,P1位点不同基因型对腹脂重、腹脂率以及胸肌失水率的影响差异显著(P<0.05)；P4位点不同基因型对腹脂重、腹脂率的影响差异极显著(P<0.01),EE型和EF型的腹脂重、腹脂率大于FF型,差异均显著(P<0.05)。
　　 4、将鸡PPARa基因不同位点多态性与生长性状进行相关分析,结果表明,P3位点不同基因型对出生重和2周龄体重的影响差异极显著(P<0.01),CC基因型的8、12周龄胫长、8周龄骨盆宽大于CD基因型,差异显著(P<0.05)；CD基因型的4周龄胸角大于CC基因型,差异显著(P　　 5、将鸡PPARa基因不同位点多态性与血液生理生化指标进行相关分析,结果表明,P1位点不同基因型对总蛋白、肌酐的影响差异显著(P<0.05)；P4位点EE、EF基因型的高密度脂蛋白与FF型相比差异显著(P　　 6、将鸡PPARa基因三个多态位点的组合基因型与经济性状进行关联分析,结果表明,不同组合对屠体性状中肌胃重、肝脏率、胰腺率的影响差异显著；对生长性状中出生重、6周龄体重的影响差异极显著(P<0.01),对4周龄体重、8、12周龄胫围、12周龄胸骨长的影响差异显著(P

目录

文摘

英文文摘

致谢

缩略语表

1 文献综述

1.1 脂肪的生成与运作

1.1.1 激素对动物脂肪代谢的调控

1.1.2 营养因素对动物脂肪代谢的调控

1.2 与脂肪性状相关候选基因的研究

1.2.1 肥胖基因

1.2.2 脂肪酸合成酶基因

1.2.3 脂肪细胞定向和分化因子1

1.2.4 脂蛋白脂酶基因

1.2.5 肌肉生长抑制素基因

1.2.6 甲状腺激素应答蛋白Spot14基因

1.2.7 解偶联蛋白基冈

1.2.8 脂肪酸结合蛋白基因

1.3 PPAR基因的研究进展

1.3.1 PPAR基因的分类

1.3.2 PPAR基因的结构

1.3.3 PPAR基因的配体

1.3.4 PPAR基因的表达

1.3.5 PPAR与脂肪代谢

1.3.6 PPAR与疾病的关系

1.3.7 PPAR基因多态性的研究

1.4 SNPs检测研究方法

1.4.1 SNPs的概念

1.4.2 SNPs的特点

1.4.3 SNPs的检测方法

1.4.4 SNPs在家禽遗传研究中的应用

1.5 本研究的目的与意义

2 引言

3 材料与方法

3.1 试验材料

3.1.1 试验动物

3.1.2 血样的采集与处理

3.1.3 试验主要试剂

3.1.4 主要试剂配制

3.1.5 主要仪器设备

3.2 试验方法

3.2.1 鸡基因组DNA的提取

3.2.2 引物的设计与合成

3.2.3 琼脂糖凝胶电泳检测DNA

3.2.4 引物的稀释

3.2.5 最佳PCR条件的筛选

3.2.6 扩增产物的SSCP

3.2.7 扩增产物的RFLP

3.2.8 图像分析

3.2.9 测序

3.3 数据统计分析

3.3.1 基因频率和基因型频率

3.3.2 遗传多态性分析

3.3.3 基冈效应分析模型

4 结果与分析

4.1 鸡基因组DNA提取结果

4.2 PCR扩增结果

4.3 鸡PPARα基因的SNP扫描

4.3.1 引物P1、P3、P4扩增产物的SSCP检测

4.3.2 引物P2、P5、P6扩增产物的SSCP检测

4.4 鸡PPARa基因PCR产物多态基因位点不同基因型的序列测定

4.5 鸡PPARa基因的酶切分析

4.5 鸡PPARa基因P1、P3、P4位点不同基因型和基因频率统计

4.6 鸡PPARa基因P1、P3、P4位点的群体遗传特性

4.7 PPARa基因各位点基因型与部分经济性状的相关性分析

4.7.1 PPARα基因P1位点不同基因型与部分经济性状的最小二乘分析

4.7.2 PPARα基因P3位点不同基因型与部分经济性状的最小二乘分析

4.7.3 PPARα基因P4位点不同基因型与部分经济性状的最小二乘分析

4.8 PPARα基因不同基因型组合与部分经济性状的关联分析

4.8.1 PPARα基因不同基因型组合与屠体性状的关联分析

4.8.2 PPARα基因不同基因型组合与生长性状的关联分析

4.8.3 PPARα基因不同基因型组合与脂肪、肉质性状的关联分析

4.8.4 PPARα基因不同基因型组合与血液生理生化指标的关联分析

5 结论和讨论

5.1 试验材料的选择

5.2 关于PCR扩增反应的分析

5.3 不同引物扩增产物的SSCP多态扫描

5.4 PPARA基因各位点的遗传特性分析

5.4.1 PPARα基因不同位点多态性与屠体性状的相关分析

5.4.2 PPARα基因不同位点多态性与脂肪、肉质性状的相关分析

5.4.3 PPARα基因不同位点多态性与生长性状的相关分析

5.4.4 PPARα基因不同位点多态性与血液生理生化指标的相关分析

5.5 不同基因型组合对经济性状的遗传效应分析

6 小结

参考文献