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致谢
第一章文献综述
1.1 分子系统学(Molecular phylogenetics)
1.1.1分子系统学的概念和发展史
1.1.2分子系统学的理论基础
1.1.3植物分子系统学方法
1.2 DNA序列在高等植物分子系统研究中的应用概况
1.2.1叶绿体基因组DNA(cpDNA)
1.2.2核基因组DNA(nDNA)序列
1.2.3线粒体基因组(mtDNA)
1.3 DNA序列在蔷薇科系统研究中的应用现状
1.3.1 cpDNA序列
1.3.2 ITS
1.3.3 LCNG
1.4梨属植物系统关系研究进展
1.4.1梨属植物传统分类学概况
1.4.2梨属植物的分子系统学研究概况
1.5本研究的目的和意义
第二章ITS序列在梨属植物中的进化及其系统学价值
2.1 材料和方法
2.1.1 植物材料
2.1.2 植物总基因组提取、扩增和测序
2.1.3 序列排列及其数据分析
2.1.4 ITS假基因序列判断
2.1.5 系统树构建
2.2 结果
2.2.1 PCR条件对梨属植物ITS扩增的影响
2.2.2 ITS序列长度及ITS假基因判断
2.2.3 ITS序列G+C含量、自由能、二级结构及替代模式
2.2.4 序列分化度
2.2.5 核苷酸多样性及中性进化检测
2.2.6 重组鉴定
2.2.7 系统分析结果
2.3讨论
2.3.1梨属植物中ITS假基因序列的鉴定
2.3.2梨属植物个体内ITS序列多态性(intra-individual ITS polymorphism)
2.3.3梨属植物中ITS假基因的起源
2.3.4 ITS假基因的系统应用性
2.4 小结
第三章梨属植物中Adh基因家族的分子进化及其系统学价值
3.1材料与方法
3.1.1植物材料
3.1.2扩增和测序
3.1.3序列分析
3.1.4系统分析
3.2 结果
3.2.1梨属植物中Adh基因结构
3.2.2基源拷贝(paralog)的初步鉴定
3.2.3重组子检测
3.2.4各Adh位点序列特征
3.2.5系统关系分析
3.3讨论
3.3.1梨属植物Adh基因家族的分子进化
3.3.2基于Adh数据的梨属植物系统推测
3.3.3Adh位点的系统发育应用性
3.4小结
第四章基于cpDNA序列的梨属植物系统关系研究
4.1材料与方法
4.1.1植物材料
4.1.2 mark、trnL-F和trnL内含子的扩增和测序
4.1.3序列分析及系统树构建
4.1.4二级结构预测
4.2 结果
4.2.1 matK序列
4.2.2 trnL内含子及trnL-F区
4.3讨论
4.3.1 matK
4.3.2梨属植物中trnL-F区缺失的形成及其系统应用性
4.3.3基于trnL及trnL-F的进化史推断
4.4小结
第五章梨属植物的cpSSR分析
5.1材料与方法
5.1.1材料
5.1.2 PCR扩增及其产物分离
5.1.3数据分析
5.2 结果
5.2.1梨属植物cpSSR多态性
5.2.2系统分析
5.3讨论
5.4小结
第六章总结与展望
参考文献
附表
作者简历