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致谢
第1章绪论
1.1计算生物学概述
1.2研究现状及课题背景
1.2.1研究现状
1.2.2课题背景
1.3论文内容及结构安排
1.3.1论文内容
1.3.2论文结构
1.4本章小结
第2章RNA分子结构的表示方法
2.1引言
2.2 RNA二级结构
2.2.1二级结构
2.2.2子结构
2.3 RNA结构表示方法
2.3.1平面图表示法
2.3.2点-括号对表示法
2.3.3树表示法
2.3.4 RNA-Z曲线
2.3.5其他基于碱基序列编码的表示方法
2.4 RNA二级结构矩阵的奇异值分解表示
2.4.1结构矩阵
2.4.2奇异值分解
2.5本章小结
第3章RNA二级结构预测
3.1引言
3.2二级结构预测
3.2.1最大碱基配对算法
3.2.2最小自由能算法
3.2.3划分函数算法
3.2.4共变模型预测算法
3.2.5随机上下文无关文法预测
3.2.6螺旋区组合算法
3.2.7方法总结及常用预测软件
3.2.8基于离散Hopfield网络RNA二级结构预测
3.3本章小结
第4章RNA二级结构比对
4.1引言
4.2二级结构比对
4.2.1普适的RNA二级结构比对
4.2.2 RNA二级结构构象比对
4.3基于奇异值分解向量的二级结构比对
4.3.1基于奇异值分解的任意RNA二级结构比对
4.3.2基于奇异值分解的RNA二级结构构象比对
4.4本章小结
第5章RNACluster. RNA结构构象比对及聚类的整合平台
5.1引言
5.2.RNACluster软件平台
5.3基于MST表示的聚类算法
5.3.1聚类发现
5.3.2聚类簇有效性的统计学衡量以及簇的紧致性
5.3.3簇的中心结构
5.4应用
5.4.1应用一:构象聚类分析
5.4.2应用二:构象转换分析
5.4.3应用三:簇的紧致性在区分非编码RNA及其混乱序列中的应用
5.5本章小结
第6章RNACompress:RNA结构压缩及基于kolmogorov复杂度理论的信息度衡量
6.1引言
6.2 RNACompress.RNA结构压缩
6.2.1基于上下文无关文法的RNA二级结构描述
6.2.2压缩算法
6.3压缩性能测试
6.4 kolmogorov复杂度理论及其应用
6.4.1 kolmogorov复杂度理论
6.4.2基于RNACompress的GTP-binding RNA核酸适体的信息复杂度衡量
6.4.3讨论
6.5本章小结
第7章非编码RNA基因预测
7.1引言
7.2非编码RNA基因预测
7.2.1非编码RNA简介
7.2.2非编码RNA基因预测
7.3 microRNA功能研究
7.4非编码RNA网上数据库资源
7.5研究展望
7.6本章小结
第8章总结与展望
8.1总结
8.2展望
参考文献
作者简历
攻读博士期间主要研究成果
浙江大学;
浙江大学生命科学院;