新生儿轮状病毒流行与进化的基因分析

摘要

目的：监测2015年新生儿轮状病毒（rotavirus，RV）感染情况及流行基因型特征，分析1996-2015年20年间新生儿RV主要流行株的基因变化，探索其起源与流行，为新生儿RV的感染防治打下坚实基础。
　　方法：收集2015年新疆维吾尔自治区人民医院新生儿科住院新生儿大便（包括腹泻和非腹泻）样本818份，用酶联免疫吸附法（ELISA）检测RV，查阅病历采集一般情况和临床资料，应用SPSS17.0统计分析相关指标。提取阳性样本RV核酸，用多重RT-PCR方法进行G型（VP7）和P型（VP4）基因分型。选取保存的1996-2014年新生儿RV主要流行株及2015年新生儿RV流行株进行VP7和VP4基因测序，利用MEGA6.0软件绘制系统进化树，分析其变化及演化趋势。选取2006年新生儿RV主要流行株G3P[6]株进行11个基因片段的全基因组测序，确立其全基因组分型及起源。
　　结果：2015年新生儿 RV感染检出率为7.58％，腹泻新生儿和非腹泻新生儿 RV检出率差异有统计学意义（?2=68.496，P<0.05），本年度新生儿RV主要流行基因型为G9P[6]型。系统进化分析表明1996-2003年流行的9株 G2型分属两大进化簇，株间核苷酸同源性为97.7%~100%；2004-2015年流行的31株G9型也分属两大进化簇，株间核苷酸同源性为97.6%~100%；1996-2015年间流行的37株新生儿RV P[6]型分属于5个进化分支，株间核苷酸同源性为96.6%~100%。无论是G型还是P型，每年有多株同基因型病毒株在流行，循环往复。全基因组分析表明2006年流行的G3P[6]型毒株属于Wa-like基因组，具有G3-P[6]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1的基因特点，可能为婴幼儿G3P[8]株与新生儿G9P[6]株发生基因重配或突变而引起G3P[6]毒力相对增强，而致新生儿RV感染流行。
　　结论：2015年新生儿RV主要流行基因型仍为G9P[6]型。2006年的G3P[6]株可能为人源重配突变株。新生儿RV株基因变化起伏不大，处于缓慢突变螺旋上升适存进化中，但感染长期稳定存在，需持续监测并警惕因婴幼儿与新生儿RV株混合感染而致新生儿新基因型RV感染或院内感染暴发流行。

目录

封面

声明

中英文缩略词对照表

目录

中文摘要

英文摘要

前言

研究内容与方法

1 研究对象

2 主要试剂与仪器

3 研究方法

4质量控制

5 统计分析

6 技术路线

结果

1 2015年新生儿RV感染情况及其流行基因型

2 新生儿RV流行株的基因进化分析

3 2006年新生儿RV G3P[6]流行株全基因组序列分析与分型

讨论

1 2015年新生儿RV感染的流行病学特征

2 2015年新生儿RV感染的基因型特征及测序分析

3 1996-2015年新生儿RV基因序列分析

4 2006年新生儿G3P[6]株基因序列分析

小结

致谢

参考文献

综述:A组轮状病毒结构和非结构蛋白的研究进展

攻读硕士学位期间发表的学术论文

导师评阅表