四品种小型猪SLA-DQA基因外显子2的群体遗传结构和分子进化分析

摘要

本研究主要对4品种小型猪的SLAⅡ类基因DQA的外显子2进行了PCR-RFLP酶切分型，并对包含部分第1内含子、完整第2外显子及部分第2内含子在内的约341bp的序列进行了克隆测序，目的在于获得完整外显子2便于遗传分析。 综合EcoRⅠ和AluⅠ双酶切的结果分析表明：SLA-DQA基因经EcoRⅠ和AluⅠ酶切后共出现9种PCR-RFLP组合带型，巴马小型猪中存在全部9种组合带型，其余3个猪种仅存在部分组合带型。总体来看4个猪品种BBMN组合带型出现频率最高(0.2074)，是优势组合带型，AANN出现频率最低(0.0277)。经检验：高原型和华南型猪种9种基因型频率差异均不显著(P＞0.05)。对于ABMM、AANN、ABNN、AAMN、ABMN、BBMN几个组合基因型，4个品种间差异均不显著。经适合性检验，藏猪、滇南小耳猪和巴马小型猪的SLA-DQA在EcoRⅠ和AluⅠ酶切位点上已经达到了Hardy-Weinberg平衡状态。合作猪在EcoRⅠ酶切位点也达到了Hardy-Weinberg平衡状态，但是其在AluⅠ酶切位点没有达到平衡状态。本试验测定了37条序列，与网上序列比较，本试验共检测到4种新的等位基因并进行了初步命名，总体平均基因多样度为0.923，总体的平均核苷酸多样度为0.03707，可见SLA-DQA基因外显子2相比DQB基因来说表现中等程度的多态性。核苷酸不配对分布曲线为多峰型及Tajima'D中性检验不显著说明4品种小型猪群体在过去没有经受群体扩张，群体大小保持稳定。　　在对各等位基因进行的各种分析的基础上，利用SLA-DQA各等位基因的DNA序列，通过估算两两之间的遗传距离，基于Kimura双参数模型，以NJ法构建了各等位基因间的关系树。用NJ法重建了SLA-DQA基因的系统发育树。

目录

文摘

英文文摘

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第一节 文献综述

一 猪主要组织相容性复合物(SLA)Ⅱ类基因的研究进展

1 SLAⅡ类基因的结构及其分布

2 SLAⅡ类基因参与抗原递呈

3 SLAⅡ类基因的多态性分析

二 经典MHCⅡ类基因DQA的研究进展

1 MHC-DQA基因在其它物种中的研究进展

2 SLAⅡ-DQA基因多态性的研究进展

3 DQA基因的进化机制

4 DQA基因与疾病的关系

三 中国小型猪种质资源及其培育

四 本试验研究的目的意义

一 试验材料

二 所用仪器和试剂

1主要仪器

2主要试剂和药品

3主要试剂溶液的配制

三 试验方法

1基因组DNA的提取与纯化

2目的片段的扩增和酶切

3 PCR产物的回收纯化

4克隆测序

四 数据处理

一 SLA-DQA基因外显子2 PCR-RFLP多态性分析

1猪基因组DNA

2 PCR扩增结果

3 SLA-DQA基因EcoRⅠ及Alu Ⅰ酶切多态性分析

4基因及基因型频率的分布

二 SLA-DQA基因部分序列的测序结果

1 4品种小型猪SLA-DQA基因外显子2序列的碱基组成

2 4品种小型猪SLA-DQA基因外显子2序列的多态位点变异

3 SLA-DQA基因的基因多样性分析

4重组和连锁不平衡

三 氨基酸序列变异的分析

1氨基酸的组成含量分析

2氨基酸位点的变异分析

3 SLA-DQA基因外显子2密码子使用偏倚性(Bias)

四 4个小型猪品种SLA-DQA基因的分子系统发育分析

1 4个小型猪品种SLA-DQA等位基因关系树

2 SLA-DQA基因的分子系统发育分析与等位基因的命名

五 猪DQA基因与不同物种DQA基因序列间的比较

第四节 分析与讨论

一 4品种小型猪群体SLA-DQA基因PCR-RFLP多态性

二 SLA-DQA基因外显子2序列分析

三 4品种小型猪SLA-DQA基因的分子系统发育分析

1猪SLA-DQA基因等位基因间的基因树和命名

2猪品种间SLA-DQA基因的系统发育树

3不同物种DQA基因的系统发育树

四 关于试验中的待印证序列

第五节 结论

参考文献

致谢

附录 猪SLA-DQA第2外显子编码氨基酸序列的变异位点

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