盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因克隆及其结构分析

摘要

该文通过SMART<'TM>技术构建了盐生杜氏藻的全长cDNA文库,测得该文库的平均滴度为1.2×10<'6>cfu/mL,可以代表藻体细胞3.07×10<'6> mRNA片段,重组率为100﹪.然后在对文库随机克隆进行测序的同时,运用生物信息学手段寻找到3-磷酸甘油脱氢酶基因的序列表达标签(EST)序列,在这个基础上对3-磷酸甘油脱氢酶全长基因进行了克隆.运用生物信息学手段对3-磷酸甘油脱氢酶基因核酸以及蛋白质序列做出了分析,发现这个基因编码两种功能的结构域,磷酸化酶结构域和3-磷酸甘油脱氢酶结构域.

目录

前言

第一章盐生杜氏藻SMART质粒cDNA文库构建

1.材料与方法

1.1材料

1.2方法

2.结果与分析

2.1总RNA提取

2.2 cDNA的检测与收集

2.3文库的鉴定

3.讨论

3.1总RNA的提取

3.2文库构建

第二章盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因克隆

1.材料与方法

1.1实验材料

1.2实验方法

2.结果与分析

2.1 3-磷酸甘油脱氢酶基因EST验证

2.2 pGPDH-3克隆子亚克隆及分析

2.3 3-磷酸甘油脱氢酶基因cDNA5'RACE

2.4 3-磷酸甘油脱氢酶基因全长cDNA拼接以及编码框验证

3.讨论

3.1通过EST进行基因克隆的策略

3.2应用快速扩增cDNA末端(Rapid Amplification of cDNA Ends，RACE)方法获得3-磷酸甘油脱氢酶基因全长基因

第三章盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因鉴定

1.材料与方法

1.1材料

1.2方法

2.结果与分析

2.1杜氏藻总DNA制备及限制内切酶酶切

2.2 3-磷酸甘油脱氢酶基因EST探针制备

2.3Southern杂交结果

3.讨论

3.1杜氏藻总DNA制备

3.2杜氏藻总DNA酶切

3.3 Southern杂交

第四章3-磷酸甘油脱氢酶基因生物信息学分析预测

1.分析方法

1.1核苷酸序列分析

1.2蛋白质序列分析

2.结果与分析

2.1核苷酸序列分析

2.2蛋白质序列分析以及结构预测

3.讨论

3.1对盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶生物信息学分析策略

3.2盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶结构及功能预测

2.3磷酸化酶样结构域的预测

第五章3-磷酸甘油脱氢酶基因结构的初步分析

1.材料与方法

1.1实验材料

1.2方法

2.结果与分析

2.1杜氏藻总DNA制备

2.2 3-磷酸甘油脱氢酶基因扩增的引物设计

2.3 3-磷酸甘油脱氢酶基因的基因组扩增结果

2.4序列分析

3.讨论

3.1 3-磷酸甘油脱氢酶基因的基因组扩增

3.2 3-磷酸甘油脱氢酶基因结构的初步分析

结论

声名

致谢

参考文献

综述 盐生杜氏藻盐胁迫下的抗逆反应及其功能基因组学展望

一、盐生杜氏藻的盐胁迫下系统反应

1.盐胁迫下细胞形态结构变化

2.盐胁迫下细胞离子平衡

3.盐胁迫下的生长代谢

4.盐胁迫下的信号机制

5.盐胁迫下的基因表达以及蛋白质合成

二、功能基因组学研究——一个崭新的研究阶段

1.研究盐胁迫下基因组以及转录物组的方法

2.盐胁迫基因的功能研究

3盐胁迫下蛋白质组研究

三、展望

参考文献